自刻本《水经注》从《大典》本中吸取了不少有价值的内容。乙酉年（1765），戴震在《水经考次·附考》中，对于渭水郦《注》仅补了九十九个字；而自刻本《渭水篇》第十七页与殿本十八卷二页一样，都增补至四百三十七字。关于颍水错简，《附考》虽纠正了朱笺本部分错误，但却未能考复原貌，。¨而自刻本则恢复了原貌。又如《水经考次》、《水经校稿》的目录上均无“序”（即郦《序》），自刻本于目录最末，即“禹贡山水泽地”之下加了个小写的“序”字。殿本郦《序》冠于目录之前，自刻本置于书后，这可能与原书在浙时已刻四分之一有关。
两百多年来，人们在评价戴震的郦学成就时，总是把殿本看作他整理《水经注》的代表成果，却很少注意到他的自刻本，更谈不上对这两种不同版本的比较研究了，这对于全面正确地评价戴震的郦学思想，不能不说是一大缺憾。
自刻本无成书时间。丙申年（1776），戴震在京与段玉裁通第八札时，寄去了“《水经注》全部，计十四册”。武英殿本也无成书年月，据段氏“与聚珍板同时而出”云，那么这两个本子均成于乾隆丙申或丙申之前。
需补充说明的是，梁氏在《书目考》中，于自刻本、武英殿本之外，又列了所谓“遗书本”。查自刻本《水经注》，有册数不同的两种，一种为十四册装，一种为十二册装。
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