民间组织应该保持相对独立性，这是没有争议的，但是，说民间组织不应该与政府合作，就过于极端了。其一，对于很多公共产品的提供，尤其是对弱势群体的服务，本应该是政府的责任，民间组织的存在是让政府从直接服务变为间接服务，以提高资源利用的效率和公共产品的质量。两者目标一致，分工不同，本就有充分的合作基础。其二，原则上，民间组织应该与外部环境中的一切积极因素合作，政府显然是其中的重要因素之一，甚至是外部一切积极因素中最有实力的一个。因此，如果有合作的可能，没有理由不合作。其三，民间组织如果刻意回避政府，如何让政府了解其工作，了解其在社会建设中的重要角色？政府对其不了解，又如何能制定出有利于民间组织成长的政策？政府与民间组织信任关系的建立，也需要双方深度了解，而合作显然是建立这种了解的最好渠道。
中心和工作站自成立以来，一直高度重视与政府相关部门以及司法机关、政府类社会组织的合作。目前，已与全国人大常委会、最高人民法院、最高人民检察院、国务院农民工办、国务院妇女儿童工作委员会、人力资源和社会保障部、民政部、公安部、司法部、国家人口与计划委员会、全国妇联、共青团中央、中华全国律师协会、中国儿童收养中心、中国法律援助基金会、社科院法学所、中国青少年犯罪研究会、北京市人大、北京市高级人民法院、北京市人民检察院、北京市未成年人保护委员会、北京市司法局、北京市法学会、北京团市委、丰台人大、丰台政法委、丰台司法局，以及与很多省的共青团组织、司法行政部门、律师协会、司法机关等建立了密切的联系，并与很多部门建立了深度合作关系。
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