导致冤案的另一个重要原因是无罪推定（“虽然怀疑仍不能惩罚”）这一宪法和刑法的基本原则并没有在日本得到遵守。事实上，无论谁都可以说自己是无罪的，但是要证明这点却是非常困难的。
不在场的证明（alibi）可以成为无罪证明，但是在日常生活中，我们不可能为每一件事提供在场或不在场的证明，因此，一般情况下是没有不在场的证明的。
在日本，有罪推定还很常见。只要不改变警察、检察和审判的这种根本性体制性特点，冤案还将不断持续发生。此外，有很多市民认为：警察逮捕了嫌疑犯，嫌疑犯犯罪就形成了定论。事实上，在此阶段，嫌疑犯不过是嫌疑犯，究竟是否犯罪尚未可知。无罪推定的一个原则是：需要根据审判来断定某人是否有罪，在判决某人有罪前应当将其视为无罪。
思想、信仰与良心自由是人类的精神自由，是最重要的自由。然而正如前所述，第二次世界大战前的天皇制国家对国民的内在精神世界干预很深，所以国民几乎没有精神自由。在现行宪法下，也经常发生侵害人们精神自由的案例。这种侵害不仅来自于国家，也常常来自于企业。由企业导致的思想差别处处可见，其中最著名的审判就是“三菱树脂·高野事件”。
高野毕业于东北大学，毕业之后被三菱树脂公司录用。在试用期内，高野突然被解除了雇用合同，理由是他在学生时代参与了“生协运动”，同时在简历中隐藏了曾经参加1960年安保游行的事实，属于撒谎行为。此后，高野以思想与信仰的差别为由向法院提起诉讼。
下级法院审理中存在胜诉和败诉的意见分歧。最高法院认为，与人权相比，应当更加尊重公司的契约自由，所以驳回了上诉（昭48·12·12）。然而，公司的无理做法通过审判而广为人知，公司在巨大的舆论压力下做了妥协并与高野达成和解，高野于十三年之后重新回到了公司。
最近发生的与思想差别有关的审判是“关西电力争议事件”。我们稍后加以叙述。
根据《宪法》第20条，无论任何人的宗教信仰自由都应获得绝对保障。此外，任何宗教团体都不能行使政治权力或从国家享受特权，不能强制任何人参加带有宗教性质的行动、庆典、仪式或活动。国家及其机关不得进行与宗教教育有关的宗教活动，因此，与宗教没有任何关系的政治——政教分离原则——在制度上获得保障，这也意味着旧天皇制时代的国家神道被完全否定。
然而，试图复活国家神道的违反宪法的活动仍不时发生，它们大概有以下三种：
①靖国神社问题。第一个是靖国神社问题。所有人都认为靖国神社属于神社同时属于特定的宗教，因此不允许国家对其进行管理与援助。官员正式参拜靖国神社也是违反宪法的。靖国神社曾经是战前国家神道的象征，同时也是日本军国主义的象征，它里面供奉着东条英机等战犯，所以受到亚洲各国的激烈批判。上述行为都违反了宗教自由。从自卫队海外派兵、军国主义的复活等现代观点来看它们也是重要问题，我们不能放松警惕。
②地镇祭判决。第二个问题是与靖国神社相关的地镇祭判决。三重县津市在建市立体育馆时，动用了公款进行地镇祭的活动（即神官进行的驱邪神道活动）。市议会人员认为：自治体为了特定宗教活动动用公款的行为违反了《宪法》第20条和第89条，于是提起了诉讼。在第一审的津地方审判中，原告败诉。在第二审的名古屋高等法院审判中，法院做出了公款支出违宪的判决，原告胜诉（昭46·15·14）。然而，最高法院推翻了二审判决，认为地镇祭并非宗教活动，而只是惯例上的世俗活动，因此并不违反宪法（昭52·7·13）。日本人没有对宗教深入探讨的癖好，所以该判决没有对地镇祭属于宗教活动还是属于世俗活动这一问题进行深入思考，因此，该判决也没有成为促使国民考虑政教分离内涵和本质的生动教材。我认为，最高法院应当像名古屋审判那样对此做出严格区分。
津地镇祭判决之后的二十年，又发生了爱媛玉串料诉讼（平成9·4·2）。在靖国神社大祭时，爱媛县知事支付了玉串费①，从而引发了诉讼。最高法院在判决中引用了津判决中使用的法理，并在结论中承认了靖国神社大祭的违宪性。虽然这一判决令人费解，但是它仍然比津判决前进了一大步。
③天皇家庭的活动与宪法。第三个问题是政教分离问题。与此相关的是昭和天皇的去世与平成天皇的继位和皇太子结婚等一系列与天皇活动相关的巨大费用开支。天皇不仅是日本的象征，他的一系列行为也同时要遵守宪法的规定和受到严格限制（国事行为——《日本国宪法》第7条）。除此之外的行为都是作为象征的天皇私人行为，而非正式的国家行为。为这些私人行为支付特别国费完全违反了政教分离原则。
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——渡边洋三
渡边洋三作为一名生活在资本主义社会中的民主主义法学家，对马克思主义关于阶级斗争与法的原理能有透彻的理解，并运用其对资本主义社会的法律斗争作出如此周密细致的分析论述，实在是值得钦佩的。
——何勤华