龙树菩萨的密教思想，是在2世纪时，佛教部派分立，呈现出极其混沌的状态下产生的。生于此时新进气锐的龙树，有其热诚的意志，欲整理当时的佛教，以树一代之新的宗派。他由此立场而鼓吹中观思想。同时，龙树为断除一切固执病弊起见，竟否定了“空”、“有”、“生”、“灭”、“常”、“断”、“一”、“异”等有限界的一切事物，但此否定，绝非以否定或破坏为目的，而是欲建设佛国于洗净了一切垢秽的清净地上。以是，他否定了一切之后，重新再看一切，肯定一切，并说：“法身之佛，常放光明，常在说法，而以罪故不见不闻，恰如日出，盲者不见，雷霆振地，聋者亦不闻。”这样，龙树认定法身佛的实在，而说其法身佛为化种种众生，说种种法，展开种种佛意的身口意三秘密的旨趣。他还劝世人应学世间的经书、技艺、方术等学问，他强调“若不知世间法，乃至不能教化一人”。他还劝励造塔、供养佛像及观佛等行，并提倡经是由“阿”（a）、“罗”（ra）、“波”（pa）等有限的一字一句而能涉入无限界的“字门陀罗尼”的原理。于是，唯守护及除灾而寄生（杂说）于小乘诸经典的“真言陀罗尼”的一字一句本身，就能变成统一“心”，及合一于无限界的妙术，而其教义的基础，亦可把握于兹，同时印度中期的纯密亦能自由摄取世间的通俗信仰，净化民间俗信，活用于世俗信仰。这样包容的立场和更进一步，至于《大日经》三无尽庄严藏的根本思想，均由龙树菩萨的思想分化，从而再把它发展。
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