2.1 鲜肉中常见的微生物类群
鲜肉中的微生物来源与许多因素有关，如动物生前的饲养管理条件、机体健康状况及屠宰加工的环境条件、操作程序等。微生物的种类也很多，包括真菌、细菌、病毒等，可分为致病性微生物、致腐性微生物及食物中毒性微生物三大类群。
2.1.1 致腐性微生物
致腐性微生物是在自然界里广泛存在的一类营养体寄生菌，该类菌能产生蛋白分解酶，使动物组织中的蛋白质发生分解，从而引起肉制品的腐败变质。主要是细菌和真菌。
1.细菌
造成鲜肉腐败的主要微生物，常见的致腐性细菌主要包括：
①革兰氏阳性芽孢需氧菌，如蜡样芽孢杆菌、小芽孢杆菌、枯草芽孢杆菌等；
②革兰氏阴性无芽孢菌，如阴沟肠杆菌、大肠杆菌、奇异变性形杆菌、普通变形杆菌、绿脓杆菌、荧光假单胞菌、腐败假单胞菌等；
③革兰氏阳性菌，如凝聚性细球菌、嗜冷细球菌、淡黄绥茸菌、金黄色葡萄球菌、粪链球菌等；
④厌氧性细菌，如腐败梭状芽孢杆菌、双酶梭状芽孢杆菌、溶组织梭状芽孢杆菌、产芽孢梭状芽孢杆菌等。
2.真菌
真菌在鲜肉中不仅没有细菌数量多，而且分解蛋白质的能力也较细菌弱，生长较慢，在鲜肉变质中起一定作用。经常可从肉上分离到的真菌有交链霉、曲霉、青霉、枝孢霉、毛霉，其中以毛霉及青霉为最多。
肉的腐败，通常由外界环境中的需氧菌污染肉表面开始，然后沿着结缔组织向深层扩散，因此肉品腐败的发展取决于微生物的种类、外界条件（温度、湿度）以及侵入部位。
在1～3℃时，主要生长的为嗜冷菌，如无色杆菌、气杆菌、产碱杆菌、色杆菌等，随着深度的不断扩展，菌相也发生相应的改变。嗜氧菌仅能在肉表面繁殖，到较深层时，厌氧菌处于优势。
2.1.2 致病性微生物
主要见于细菌和病毒等。
1.人畜共患病的病原微生物
常见的细菌有炭疽杆菌、布氏杆菌、李氏杆菌、鼻疽杆菌、土拉杆菌、结核分枝杆菌、猪丹毒杆菌等。
常见的病毒有口蹄疫病毒、狂犬病病毒、水泡性口炎病毒等。
2.只感染畜禽的病原微生物
污染肉品的这些病原微生物种类甚多，在畜禽传染病的传播及流行方面有一定意义。
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