了解完《内经》、《素问》、《灵枢》的关系之后，再来看看《内经》的主要内容。《内经》由一百六十二篇单篇文章组成，而这些单篇文章不止篇幅不一，大多数的内容分布也较为分散，同一个问题会在不同的文章中出现，而同一篇文章中可能论述不止一个问题，故此，刚接触《内经》的读者往往会有凌乱的感觉，不知道从何入手。我们不妨先就《内经》中主要的内容做一个简单的介绍，便于把握文脉。
对《内经》的相关知识进行分类，历史上早就有医家做过这件事，如明代著名医家张介宾花费三十年时间，将《素问》与《灵枢》既有的顺序完全推翻，根据论述的内容重新分类编排，共分为十二类，名日《类经》：摄生、阴阳、藏象、脉色、经络、标本、气味、论治、疾病、针刺、运气、会通，共三百九十条，分三十二卷。《类经》出版后，大行于世，为学医者学习《内经》提供了较好的途径，被时人誉为“海内奇书”，直到现在仍然是学习《内经》的重要参考，后来医家对于《内经》内容的分类大体而言都是据此略有增删。
现代学者对《内经》学术体系的分类虽然具体有一些区别，然大体上是相似的，主要包括摄生、阴阳五行、藏象、经络、精气血津液、病证、病因、病机、诊法、治则治法、五运六气等，我们择其要进行简述： 摄生：即养生之意，又名“卫生”。《内经》第一篇《上古天真论》，就是养生专章，全书含有丰富的养生内容，称得上是一部养生宝典。《内经》以“不治已病治未病”的预防思想为养生主旨，吸收了先秦诸子的养生理论与实践，并在中医理论指导下，进行了改造，确立了中医养生的基本原则。如：顺应自然，天人合一；恬淡虚无，精神内守；形神共养，动静得宜等。
阴阳五行：阴阳、五行学说均滥觞于中国古代哲学，与医疗实践相结合之后，共同奠定了中医学的理论基础，其重要性不言而喻。如《素问· 阴阳应象大论》所说：“阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之府也。”五行学说则利用木、火、土、金、水五行生克制化的关系，建立起了以五脏为中心的生理系统，并将其与自然界的五行系统相对应，构成了统一的整体。
藏象：《内经》对人体生理活动的认识以藏象理论为核心展开。藏象学说以五脏为主体，将六腑、五体、五官、九窍、四肢百骸等人体的各部分组织器官分为五大系统，通过经络、气血等贯通在一起，认为人体是一个有机的整体，各脏腑组织虽然在功能上各有分工，但是并不是孤立地，而是通过经脉连属、气血流贯，相互联系，互相协调合作。藏象学说是中医学的基本理论体系的核心，也是临床辨证论治的理论基础。
经络：主要包括经脉和络脉，是人体内气血流贯、沟通脏腑形体官窍、联系上下内外、感应传导信息的网络状系统，是人体组织和结构的重要组成部分。经络学说是针刺技术的理论基础，在中医理论与临床上均具有特殊的学术价值，《灵枢·经脉》说：“经脉者，所以能决死生，处百病，调虚实，不可不通。” 气血精神：《灵枢·本藏》说：“人之血气精神者，所以奉生而周于性命者也。”精、气、血、津液既是人体生理活动过程的产物，又是组成人体和维持人体生命活动的基本物质，其运动变化体现了生命活动的基本规律，是中医学理论体系的重要组成部分。“神”广义上是人体生命机能活动的总括，狭义上是指人的精神活动，其盛衰直接反映生命机能的情形，所谓“得神者昌，失神者亡”。
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