乾嘉朴学集大成者阮元将科学（包括西方传教士输入的科技）归人儒学：“综算氏大名，纪步天之正轨，质之艺林，以谂来学，俾知术数之妙，穷幽极微，足以纲纪群伦，经纬天地，乃儒流实事求是之学。”（《畴人传·序》）这更明显地表现了实学的影响。正因为有这样的影响，西方科技在朴学兴盛时期，仍能在经学的庇护下苟延残喘。《四库全书》收录了一些西方科技著作就是明证。
第二，实学强调言必证实，在方法论上和西学有契合之处。实学批评理学的治学方法是“束书不观，游谈无根”，意谓理学末流很少问津儒家经典，所谓的义理出于己意而缺乏实据。与之相对。实学在方法论上倡导“言必证实”（《日知录·序》）。这包含两个方面：一是指以典籍尤其是儒家经典为证据，所谓“经学即理学”就是强调论学一定要取证于经书；二是指以自然界的事实为证据，因为经世致用必以外在事物为研究对象。这两个方面在实学“言必证实”的方法论中是混同在一起的。所以，顾炎武一方面说：“以书御马者，不尽马之情……善治水者，固以水为师耳。”（《天下郡国利病书·嘉定县志水利考》）另一方面又说：“非好古而多闻，则为空虚之学。”（《亭林文集》卷三）黄宗羲亦是如此。他一面批评明儒以《周易》之卦象附会昼夜之长短，而无视自然界的天象：“舍明明可据之天象，附会汉儒所不敢附会者，亦心劳而术拙矣。”（《答范国雯问喻春山律历》）同时他又说：“学必原本经术，而后不为蹈虚，必证明于史籍，而后足以应务。”（《南雷文约》卷一）方以智疾呼：“欲挽虚窃，必重实学”（《东西均·道艺》），在方法上是既注重实测，“物有其故，实考究之，大而元会，小而草木螽蠕，类其性情，征其好恶，推其常变，是日质测”（《物理小识·自序》），又注重爬梳典籍，《四库全书总目提要》对其《通雅》评论道：“以智崛起崇祯中，考核精核”，顾炎武等延此风气。
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