秦伯未在中医学术、临床和教学方面的杰出贡献为医界所瞩目，为清末迄民国时期的知名儒医。1932年，他在上海创立“中医指导社”，自任社长，主编《中医指导丛书》，指导社会青年学习中医。1938年，创办中医疗养院，实质是我国早期的中医医院，为在校学生提供中医临床实习基地。同年，还创办了《中医疗养专刊》。在民国时期，中医遭受歧视和排斥，余云岫等提出“消灭中医”，面对中医药面临被取缔的厄运，他与谢观、陈存仁、张赞臣等曾在上海组织抗议废止中医的全国性大会，积极参加上海国医公会活动，为中医事业的生死存亡竭尽全力。
新中国成立后，秦伯未积极拥护党的中医政策，1951年出任上海第十一人民医院中医科主任，坚持以中医为主的临床治疗。1952年，他出席了华东及上海市中医代表会议，该会重点解决建国后中医药的发展问题，秦伯未与余无言（余瀛鳌之父）等代表为大会提出了不少建设性意见，如创立中医高等院校，整理、总结名老中医学术经验，西医医院设立中医科，以及中西医取长补短、合作共事等，极大地推动了中医药事业的发展。1955年，他奉调进京，应聘担任中华人民共和国卫生部中医顾问，为中医药的发展规划制定出谋献策。1956年9月，北京中医学院成立，他又兼任该院顾问、一级教授，同时兼任国家科委中医中药组成员、中华医学会副会长等职。他在卫生部任职期间，还负责高干医疗保健和临床会诊，曾由国家派遣到前苏联等国为其国家领导人诊治疑难病证。他先后当选为第二、三、四届全国政协委员，兼任政协医药卫生组副组长。在新的历史条件下，他为发展中医药事业和培养高层次中医临床、科研、教学人才作出了重要的贡献。但在十年动乱期间，他被扣上“资产阶级反动学术权威”的帽子，身心受到了严重摧残，1970年1月27日因肺癌病逝于北京。
秦伯未学识渊博，学术造诣深邃，生平医学著作多达60余种，较有代表性的著作有：《秦氏内经学》、《内经类证》、《内经知要浅解》、《金匮要略简释》、《清代名医医案精华》、《中医入门》、《中医临证备要》、《谦斋医学讲稿》等。在临床方面，他宗法丁甘仁，并善于吸取历代各家之精论效方。诊病精审，辨证细致，不拘于经方、时方，处方善于变通，对膏方调治疾病更有深入的研究。对于内科杂病，于肺、胃病证和热病尤为精擅。他将中医退热治法归纳为14种，并对消化性溃疡、脊髓空洞症、一氧化碳中毒等病的中医治疗进行了成功的探索。他是20世纪中医著作最多的名家。早期著作中，以《秦氏内经学》、《内经类证》、《实用中医学》、《清代名医医案精华》、《清代名医医话精华》等影响较大，《秦氏内经学》是一部“发皇古义，融会新知”的编著。后期著作中，如《内经知要注解》、《金匮要略简释》、《中医入门》、《中医临证备要》、《谦斋医学讲稿》等在中医学术界更有广泛的影响。
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