《走进本草纲目之门：中药的发现》分为三章，也是围绕《本草纲目》的大厦的三个去处设置的：
    第一章——外墙与建筑。在这一章我们还站在大门之外，是进入大门前的观望。《（本草纲目）其书》、《（本草纲目）药物各论的体例》让我们在外观上去欣赏《本草纲目》的建筑架构，大门的钥匙也保存在这个环节。
    第二章——升堂入室。在这一章就进入了大门，进入大门之后又月许多门、许多房间、许多装饰、许多摆设，如何去欣赏，如何去了解。
    第三章——金谷之园。《本草纲目》无疑是一个宝库，我们要找宝藏应该到《本草纲目》原著中去寻找。
    《走进本草纲目之门：中药的发现》不同于教科书，不必循序渐进，读者可以随意选读不同的章节，可以直接进入大门，也可以只在门外徘徊，也可先到花园游览。

第一章 外墙与建筑——《本草纲目》概况
谈李时珍与“格物致知”精神
从贾宝玉喜欢“药香”说起
从老太太会看病感悟中医中药溶化在中国人的血脉之中
《本草纲目》其书
李时珍其人
《本草纲目》是从神农氏开始编起的（1）
《本草纲目》是从神农氏开始编起的（2）
《本草纲目》药物各论的体例
什么是中药？
英国人用的大黄为什么不是中药？
为什么达尔文把《本草纲目》称为“百科全书”？
李时珍与中药的分类
《本草纲目》新增药

第二章 升堂入室——中药知识与理论
药味是尝出来的吗？
五味能治病也能致病
四气与五味
升降浮沉是怎么回事？
神奇的配伍七情
处方为什么要有君臣佐使
中药和禁忌
方药之秘，在于剂量
辩证论治浅议
奇特的因时服药法及其他
《本草纲目》中的特殊给药法
服药不当的危害
道地药材
中药为什么要炮制
有毒中药怎样才能治病

第三章 金谷之园——中药实例
在补元气话人参
“补药之长”说黄芪
益气补脾属山药
李时珍首先载录的三七
有情之药话当归
婆罗门参——仙茅
保健抗衰话茯苓
何首乌的传说
枸杞子与地骨皮
滋阴敛气五味子
话说“二冬”
负霜葱翠话女贞
菖蒲河畔话菖蒲
说莲
清肝明月话决明
生精补髓话鹿茸
绝类男阳的锁阳
壮阳名药淫羊藿
本名猴姜骨碎补
……
后记