由于乡镇长的直接选举仍处于试验阶段，除了某些关于选举活动的规定外，各个乡镇的选举方法基本上没有统一的章程可依，大多在现有的《村委会组织法》基础上加以修改，依此进行选举（可参考各地的“暂行办法”或“试点工作安排”）。乡镇选举的细节在各地有不同的做法和法律规则，但是基本上以建立制度确立村民的民主，同时保证村委会决策的民主性质为大方向。与国外地区流行的方法相比，大致可归纳为三类：基层政权单轨制、简单多数选举制及大选区集中代表制。简单地说，西方国家的政治制度多依据孟德斯鸠的三权分立原则，行政、立法、司法各自独立。然而，我国在基层政权单轨制下，立法（人大）和行政（乡镇政府）合二为一。在简单多数选举制下，乡镇长选举如村委员会选举，一般设为两个阶段：第一阶段，选举委员会“酝酿、协商”正式参选人；第二阶段，参选人接受“一人一票”的直选。大选区集中代表制则是以简单多数制选出一位乡镇长的做法，表示乡镇是一个大选区，辖下更多的村民均可以自由参加选举。
这三种试行的选举制度的特色主要有二：
首先，行政及立法关系模糊不清。由同一个“乡选举委员会”负责组织乡镇选举与乡镇人大代表选举，但这个委员会一般由人大主席团成员出任。由于委员会对选举安排有最终决定权，特别是在“酝酿、协商”正式候选人时具有决定作用，因此从政治学的角度看来，立法机关已经严重干扰了行政机关的成立过程。假如委员会在竞选中对某候选人有所偏袒，而该候选人又“不幸”落败，胜出的“黑马”与立法机关的合作可能不可避免地出现阴影。人大本身虽然不是我国政治下的一支独立力量，而党和其他单位亦会组织及动员农民群众，然而，对于处于现代化的国家来说，持续地通过外部力量进行动员影响基层政治将愈来愈困难。若最终的乡镇长人选与委员会的预期出现落差，往后的合作难免受到影响。另外，由于乡镇长是由人大正式投票选出，前者大多服从后者的领导（至少在形式上如此）。但当乡镇长由直选产生，双方的职责分权便不能再予以从前的“模糊化”处理。在法例未清晰对行政立法机关的权限及监督进行规定前，按约定俗成的“职责单轨制”处理人大与直选乡镇长之间的关系，至少在理论层面上是不完善的。
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