本经的经题，据佛说有三个名称：一、药师琉璃光如来本愿功德；二、十二神将饶益有情结愿神咒；三、拔除一切业障。现在流通的本经，是以第一名称为经题。因为拔一切业障，就是药师如来本愿功德的力量；十二神将的饶益有情，也只是护持药师如来的功德法，而令有情获得此功德的法益。所以以本摄末，立名为《药师琉璃光如来本愿功德经》。<br> “药师”：现代谈到药师，只是配药的人，而古代却不然，药师与医生的含义一样。佛法中常称佛陀为无上医王或大药师，因佛能治疗一切众生的种种疾病。经里说：人的生理上有三种病——老、病、死；心理上也有三种病——贪、嗔、痴。大觉佛陀出世救济众生，即是为了拔除众生身心的种种病患，故赞叹佛为大医王、大药师。我们不可把含有崇高意义的药师一名，视为普通的配药人。<br> 什么是病？什么是药？病，即是由于不调和所起的现象，如经说：“一大不调，百一病生。”人的身体，某一部分不调和，即会有病，更会影响到全身的不调和。心的不调也是这样，我们心理若是有点反常现象，或是有了某种烦恼，便会牵连及全部精神的不安。如此说来，世间的病患就多了，从各个众生的身心而扩大到家国、社会乃至整个世界，莫不病患重重。
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——印顺