《基督教神学原理》包括三大部分。第一部分“哲理神学”（philosophical theology）所起的作用，类似于传统所谓“自然神学”（natural theology）；第二部分“象征神学”论述的内容，相当于传统所谓“教义神学”（dogmatic theology）；第三部分“应用神学”（applied theology）则囊括了现在所谓“实用神学”或“实践神学”（practical theology）所能包含的主要论题。在“哲理神学”中，麦奎利把神学的出发点由神降为人，从人生分析出发，通过一套关于“启示”的认识论推进到关于“存在”的本体论，并将“上帝”的涵义表述为“神圣存在”，以此回答了关于“上帝是否存在”的问题，确立了信仰的哲学基础。他还提出了一套神学语言论，以回答分析哲学的挑战，主张一种宽容的宗教论，以适应思想意识的多元状态。在“象征神学”中，麦奎利运用在第一部中确立的“实存论—存在论”方法，对传统的三一论、创世论、基督论、救赎论和末世论等所有的基本教义，进行了既符合现代思想气候又符合传统教义精神的解释。其中涉及上帝的性质、上帝与世界的关系、基督与人类的拯救、个人和宇宙的归宿等等甚至连教外人士都颇感兴趣的问题。在“应用神学”中，麦奎利提出了一套适应现代社会并与天主教调和的教会论以及相关的关于圣职、圣事、布道、崇拜和祈祷等等的理论。他还改造了陈旧的传教观，提倡同其他宗教和意识形态的对话，阐明了基督教的伦理道德观、婚姻家庭观、社会政治观，对当代世界面临的重大问题提出了基督教的解决办法。