首先，“书系”包含五个系列，即甲种专著、乙种论集、丙种译丛、丁种资料、戊种公共史学，这显示了我们对六朝历史之基础研究与应用研究的全面关注、对话学界之“学院”史学与面向社会之“公共史学”的兼容并包。
其次，“书系”出版采取“1+N”模式，“1”为南京大学出版社，“N”为其他出版社，“1”为主，“N”为辅，但仍按出版时序进行统一编号。所以如此处理，自然不在追求“差异美”，而是随顺作者、译者、编者的意愿以及其他各别复杂情形。
再次，“书系”虽以“南京大学六朝研究所书系”冠名，但只是冠名而已，我们会热忱邀约、真诚接受所内外、校内外、国内外的书稿，并尽遴选、评审、建议乃至修改之责。
要之，五个系列的齐头并进、出版单位的灵活安排、书稿来源的不拘内外，这样有异寻常的总体设计，又都服务于我们的相关中期乃至远期目标：通过若干年的努力，使学界同仁共襄盛举的“南京大学六朝研究所书系”渐具规模、形成特色、产生影响，而“南京大学六朝研究所”也因之成为学界同仁信任、首肯乃至赞誉的研究机构。如此，庶不辜负我们回望的如梦的六朝时代、我们生活的坚韧而光荣的华夏正统古都南京、我们工作的诚朴雄伟励学敦行的南京大学、我们钟情的昌明国粹融化新知的南京大学历史学院。
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