哲学与思想史两种方式在明清思想研究中各有优长，故而继承对方的合理因素、完善自我研究就成为学者们的共同取向了。另一方面，明清思想在哲学与思想史两种研究范式下所形成的结论又可能是截然不同的，最显著的例子是在对清代考据学性质的判断以及清代学者的最终评价上。一般来说，依哲学视角，学者们虽能承认“达情遂欲”有其积极意义，但大体还是对清学的转向持消极看法；②而思想史研究则多从顺应历史的角度首先肯定清代学术的新贡献。③就是在这样的争论与互动中，明清思想研究不断深入和进步。
宗教性与世俗性既是儒学本身所具有的内涵，又是明清儒学最有价值的内容之一；宗教化与世俗化既是儒学自我转型的内在要求，又是明清儒学发展的一大特征。从中晚明起，这两个特征就曾在王阳明良知学的传播中展露无遗。良知学经由王龙溪和泰州学派改造，经历了“形上信仰化”和“人伦日用化”的演变，他们共同强调对良知首先“信得及”。所不同者，王龙溪是以“形上思辨”的方式追求对良知的“超越信仰”：而王心斋是以“百姓日用即道”的方式追求对良知的“内在信仰”。“超越信仰”中的“工夫”可能隐而不显：“内在信仰”也可能仅是依靠“自然明觉”来践行人伦日用。这正是刘宗周、黄宗羲师徒所批评的“心学流弊”，与此同时，他们对“王门左派”背后顺应社会思潮的进步性又持肯定意见。①
儒学世俗化是儒学追求现实功效的必然要求。值得注意的是，世俗化的依据才是哲学家们所着重留意的。王龙溪在《滁阳会语》等著作中就对“现在”良知有明确批评，他主张良知“发用”却不会同意泰州对良知简单化的信仰。亦即是说，“世俗性”往往需要依靠“信仰性”来决定其自身价值。儒学不是宗教，但儒学富含宗教性，这可说是过往在讨论儒学是否为宗教问题上的一般性结论。儒学的宗教性常被理解为：它与一般宗教一样，本质上是一种精神寄托和终极关怀，内容上则可以导入向善与化民成俗。所不同者，一般宗教由“信仰”而“实践”讲究的是“外在超越”，而儒学则是一种典型的“内在超越”。在论说儒学宗教性时，学者们又有侧重于宗教之“实践”和侧重宗教之“信仰”两方面表述的不同。
吴震先生在《明末清初劝善运动思想研究》中常关注下层民众和一般学者如何通过道德劝善来扭转日益失落的人心，重整社会道德秩序乃至政治秩序。他在吸收钱穆等学者的意见后，总结说：儒家思想是以精神不朽为追求目标的融宗教于伦理的人文教。②从而落实其观察视角为“民间信仰”或“通俗信仰”的考察域。他认为：“绝大多数儒者仍然相信”神道设教“具有相当重要的现实意义及政治意义，因此他们的基本态度并不是以理性拒斥信仰、以道德取代宗教，而是对宗教、信仰等问题采取一种”可为愚者道“的现实态度。③
杜维明先生在《中庸洞见》中指出，普通的人类经验即是道德秩序依存的中心。人之所以有道德感是因为人性，而人之所以有人性是由“天”所赋予，“天”就是道德秩序的超越性的支撑点，每一个人都可以体验到“天”的存在，人通过”诚“之功得到与天合一的机会。在他看来，儒学的宗教性就是“终极的自我转化”。而自我转化（实现君子之道），必须通过人际关系（信赖社群）来予以落实。”信赖社群“的”达己“是自我转化中一种不可消解的终极的真实，是儒学宗教性的一个规定性特征。可取的做法就是把社群的所有层面（家庭、邻里、宗族、种族、民族、世界、宇宙）都整合进自我转化的过程中，而这一包容的过程是学习充分做人的筹划所固有的。①
显而易见，上述两种儒学“宗教性”的关注视角并不相同，分别留意于“实践落实层面”和“成圣追求层面”。但二者并不冲突，而是各有侧重、相互补充的关系。他们都主张儒学要在“社群场域”中发挥功用，建立道德秩序。而要承认道德秩序的重要和必要，就势必要承认存在着作为其支撑点的更为根本的结构。也就是说，“实践落实”是依照“成圣追求”的理论来完成的，“成圣追求”又必然要在“实践落实”中成就自己。
在明清之际，讨论儒学的宗教化和世俗化是众多学者的共识，其最终评价则应当以上述儒学宗教性的两重内涵共为标准：先看学者是否能顺应时代思潮，积极融入儒学宗教性与世俗性的开发和儒学转型运动中来：再看学者能否对儒学由“信仰”而“实践”的根本结构有完整的把握，从而合理且有效地推动儒学的世俗化运动。确立了这样的标准之后，不难发现，李二曲正是这一思潮中的佼佼者。
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