总的来说，患者在医疗卫生机构中发生感染风险增加主要有两个因素。第一，与定植在健康宿主体内的共生细菌相比，患者在医院、长期护理机构以及其他临床设施中大量接触的细菌、病毒往往更致命，且对常见的抗生素治疗更具耐药性。特别是在危急救治情况下，患者大量使用抗生素和其他诊疗方法，而这些抗生素和疗法能消除或至少改变常居皮肤、肠、口咽部和其他黏膜表面无害的（而且通常是有益的）细菌的多样性。因此，住院患者容易感染该机构中常见的侵袭性更强的细菌。例如，即便是短暂的住院后，通常老年患者口腔内的正常菌群也会被大肠埃希菌和克雷伯杆菌等肠道革兰阴性菌取代。这些致病菌通过医疗服务者不洁净的手，共用的医疗器械等途径在患者之间水平传播。正常菌群被致病菌株取代便会导致感染，因此也可以说医院患者最常感染的正是侵袭机体的这类医院致病菌。
第二，是发生在患者中间的正常宿主防御系统的破坏，这种破坏缘于疾病，还有必要的临床护理。只要条件允许，甚至不太具有侵略性的细菌也可以突破保护宿主正常的物理屏障和免疫屏障。比如，外皮受损（如血管通路导管或手术伤口）、营养不良（原因通常是重症患者的胃肠病理问题或营养补充不足），或者癌症化疗后肱骨或细胞免疫崩溃的情况。在以上这些情况下，即使是短暂的接触侵袭性相对较弱的病原体（如凝固酶阴性葡萄球菌株）也可能会导致复杂的感染甚至是潜在的致命感染。
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