（三）川中行医
1911年，祝味菊由日本返回四川成都后，主政“于官医院”，开始了他的行医生涯。关于这段经历，祝味菊自己有明确的记述：“味菊幼读轩岐、仲景之书，长而兼习西医，游学三岛归国后，服务于四川省会警察厅官医院，院中中西医并立，昧菊任中医主任6年。”
祝味菊最初行医是在官方中西医并存的医院中担任“中医主任6年”。其先学中医、后学西医所形成的思维方法与学术思想，必然经受一般中医人所不可能遇到的困难。在这样不利的条件下，祝味菊以自己所学在中医临床方面取得了很好的疗效，使得西医同行刮目相看。“凡遇西欧国家医生不能治之病，用仲景方治之往往应手立愈。成都又有福禄康医院，法兰西人创办，院中医生皆虬髯碧眼，赫然法国博士也。高师学生郭某病伤寒，往就诊，法医官祝武烈、任尔为等屡治不效，病日重，已昏不知人，祝、任二君均称不治矣。延味菊往诊，予大剂回阳药三服而愈。二君诧为怪事，争欲研究，以不能通解中国古书，怅然而止。西医医院例不许病人服中药，自此以后，特许味菊以中药治病。”
在一家官方不许使用中药的西医院中，祝味菊用他出色的中医医术赢得了特许使用中药的权利。祝味菊出道不久，就能获得这样的特权，足以说明他既精研中医医理，又充分接纳西医，治疗急危疑难重症有良好的临床效果。
祝味菊应用“回阳药”治疗危重疾病，与四川郑钦安扶阳学术思想的传播有着极其密切的关系。火神派鼻祖郑钦安的亲传弟子卢铸之（卢火神）先生（1876～1963）差不多与祝味菊生活在同一时代。光绪末年（1908），卢铸之在成都开设“扶阳医坛”，除了免费讲解中医经典《内经》《伤寒论》《金匮要略》《神农本草经》之外，还重点讲解郑钦安的《医理真传》《医法圆通》《伤寒恒论》，广泛传播郑钦安的扶阳理念。此时在成都行医的祝味菊，也得益于“扶阳医坛”，深受郑氏扶阳思想的影响，在临床上善用“回阳药”。
更为重要的是，祝昧菊在蜀中官方医院行医过程中，切实感受到了中西医学各有其长短，并确立了惟真理是从，取长补短，融会贯通的观念，即客观地了解中西医各自的优势，坚定地走中西医汇通之路，这为其今后的中医创新奠定了基础。在谈论自己的思想变化过程时，祝味菊说道：“味菊乃益研求中西异同之故，知二者各有短长，不容偏废。且中西立论虽异，实有可以融会贯穿之道。”
祝味菊在蜀中“主政于官医院”的经历，奠定了他一生对中医执着追求与探索的基本思维方式。他在介绍这段经历时说：“孑然一身，不为世囿，爰得实行我辛苦仅有之理想，叛古逆今，勿顾也。因取旧学之不合真理者废之，有药效而其说不可取者正之。在政七年，向所怀疑，十去其六七矣。夫真理惟一，初无国族之别也。吾所谓道者，其说可以质诸世界学者，非斤斤于门户之争也。”
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