《日本藏先秦两汉文献研究汉籍书目》共收录日本五十余家图书馆所藏与先秦两汉文献研究相关的图书目录约三千六百种。所收书目版本包括中国流传日本的刻本，日本及朝鲜的刻本、翻刻本、抄本、影印本等。本书目按传统分类，分为经、史、子、集四部，将小学附于经学之后。具体归类依据《四库全书总目》分类。本书目著录款目依次为：书名、卷数、作者、藏书机构、版本。三个以上图书馆藏同一版本时，仅列三个图书馆。常见丛书所收本，如《四库全书》本、《皇清经解》本、《丛书集成初编》本，不予列举。凡一书的续编及后人有关此书的撰述，均接次于原书之后。