明朝孔庙配享、从祀以唐宋旧制为基础定制，并经历了不断调整的过程。洪武五年，朱元璋曾欲罢孟子配享，认为“孟子《草芥复雠》章，谓非人臣之所宜言”，司寇钱塘抗疏如谏，袒胸受箭愿为保孟轲从祀而死，朱元璋感其诚，孟子配享遂未废除。次年更指“孟子辩异端，辟邪说，发明孔子之道，宜祀如故”。洪武二十九年三月，扬雄因从事王莽而被罢从祀，董仲舒复以进祀。宣德十年，复从祀元儒吴澄，当时湖广慈利县儒学署教谕事举人蒋明奏：“先儒有功于道学者皆得从祀，近世之儒若临川吴澄，道尊孔子，学述六经，着书立言，师表当世，其功不下于许衡，衡既从祀，澄当如之。”经过少傅兵部尚书兼华盖殿大学士杨士奇等议，认为吴澄发明道学之功“朱熹以来，莫或过之”，遂升吴澄从祀，并命礼部即行两京国子监及天下府州县儒学一体从祀，永为定制。正统二年，复进宋儒胡安国、蔡沉、真德秀从祀，当时，广东肇庆府知府王罃、顺天府通判曹铭等皆言：“春秋上丁祭先师孔子，以历代诸儒从祀，黜扬雄而进董仲舒、吴澄，诚百世不易之盛举也。然而性恶之荀况，短丧之杜预，皆穿凿陋儒，尚祀庙庭，而宋儒若胡安国、蔡沉、真德秀皆有功道学，羽翼六经，其格言微意，扩先儒之未发，处己行事又皆正大光明，足以绍承道统之绪，皆未得从祀。”事下行在礼部核奏谓：“安国作《春秋传》，沉作《书传》，德秀作《大学衍义》，学者宗之，诚有功于圣门，宜如其请。”
以上对孔庙从祀的修补都是以恢复宋元传道有功之学者地位为考虑的，董仲舒、胡安国、蔡沉、真德秀原就从祀孔庙，元末战乱，配享遂废，明朝前期复从祀如故。如果说正统以前对孔庙从祀的变动只是对宋元原有从祀制度的小修小补，那么明朝对孔庙从祀的重大变动则发生在嘉靖时期，而对孔庙从祀变动的讨论在弘治初年就已经开始。
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