纵观全书，马派中医学术思想可以概括为以下十个方面：
1. 防、治、养三结合的治未病与治已病思想。
2. 以“常体、寒体、热体、特敏体”为纲的中医体质新论。
3. 以“整体观念、天人合一；辨证论治、个体诊疗；治未病、防为先；治养结合、贯穿始终”为核心的中医四大特色论。
4. 突出问诊、结合现代影像及实验室检查的“问望闻切查”中医五诊法。
5. 以“卫护心神、顺时调神、养生养德、形神兼养、动静相宜、节欲守神”为特色的中医心理卫生论。
6. 以“传承创新和传播普及”为己任的中医科研科普并重论。
7. 以“心胸有量、动静有度、饮食有节、起居有常”为代表的中医养生四字论。
8. 围绕临床证治经验总结及辨治思路探讨的中医思维方法。
9. 以“三大战略八大战术”为导向的中医传承发展观。
10. 以“衷中是基、衷中参西”提高临床疗效为目标的钢杆中医成才论。
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