1987年4月，新疆环境保护委员会、新疆发展计划委员会、新疆经贸委联合颁布了《新疆维吾尔自治区（建设项目环境保护管理办法）实施细则》。新疆建设项目的环境管理逐步走向制度化、法制化。
这一阶段，新疆在现行建设项目环境管理办法的基础上，结合新疆自然环境特点，注重政策法规、环评、检查、验收四大环节的管理。建立并逐步完善了建设项目环境保护管理工作程序和制度，针对执行“两项制度”出现的问题，规范了环境管理行为。加强了“三同时”现场监督检查的力度，注重竣工环保验收，特别加强了建设项目生态环境保护的检查和验收。
具体抓环评制度的贯彻及环评工作的规范化，把“以新带老”、清洁生产、总量控制等措施贯彻于环评之中，开展了八钢的规划环评，以及一些开发区的区域环评，重点抓油气田开发环评及管理方面的一些工作。对这一阶段工作的总体评价：部分项目环评对项目选址起到了关键性的作用，避免了不合理的布局；有1/3的项目环评在治理措施方案为优化设计起到重要作用；大部分项目的环评为环境建设和环境管理提出了一些好的建议及对策，为控制新污染和生态破坏起到其他工作不可替代的作用。阶段后期，新疆建设项目现场监督检查力度逐步加强，促进了建设项目的“三同时”管理，尤其在建设项目生态环境保护方面取得了良好的效果。新疆建设项目竣工环保验收的质量逐步地提高，促进了环境保护和治理工程的建设。
（2）发展阶段
1998年11月29日，国务院颁布了《建设项目环境保护管理条例》（以下简称《条例》），对环评的内容、程序、基本要求、责任、惩罚等进一步做出了详细的规定。新疆根据环境影响评价工作的需要，制定了《新疆维吾尔自治区贯彻国务院（建设项目环境保护管理条例）实施意见》等一系列建设项目环境影响评价方面的规范性技术文件。2003年9月1日起实施的《环境影响评价法》（以下简称《环评法》）对环评的主体、对象、内容、程序等做了明确的法律规定，环评制度成为法律规定，成为我国环评制度发展的重要里程碑。
《环评法》颁布之后，新疆环保局加大了宣传力度，组织了《环评法》的专题宣传活动，分别在电台、电视台作了宣传节目，在各大报刊开设了宣传专栏，连续举办了《环评法》的培训、学习班，组织地（州、市）、县领导及企业领导参加学习，尤其在具体项目的审批、评估过程中，大力宣传《环评法》，使《环评法》的普及率大大提高，宣传基本到位。
新疆发展计划委员会、经贸委、国土资源厅以及规划、工商、金融等部门加大了履行各自职责的力度，坚持环评先行的原则。在项目审核前要求必须完成环境影响评价，备齐环保部门的审批手续，对备案的项目，提出进行环境影响评价的要求，在土地征用、规划审批、工商手续、银行贷款等各项工作中要求必须要有环境影响评价及其审批手续。在这些部门的相互支持和配合下，使新疆贯彻执行《环评法》基本落到了实处。
这一阶段，新疆各级环保部门把环评的管理进一步推向了深入。紧跟国家和新疆产业结构调整的进程，对采用国家限制、淘汰的落后生产工艺、设备、污染严重的项目坚决不予审批，鼓励、支持新产品、新工艺等高新技术产业和生态环保型产业的项目建设；认真贯彻《清洁生产促进法》，在项目审批过程中，从清洁原料、先进工艺、能源消耗、污染物排放等各个方面按清洁生产的标准要求；贯彻循环经济的发展思路，考虑下游产品的开发和资源的综合利用。以上这些举措使《环评法》执行的效果有了明显的增强。
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