其实，在16-19世纪时，该地区即有严重的海盗问题。当时南洋地区曾出现过三股不同的海上势力：西方海盗（1570-1700）、中国海盗（1520-1860）、东南亚本土海盗（1520-1860）。西方海上势力介入此地，是从地理大发现开始的。当时有许多假探险之名而行不法之实的投机分子（其中不乏殖民地的官员）和一些来自西方的海盗勾结，开始在这一地区的海上非法活动。
1577年，在西班牙人控制太平洋、葡萄牙人控制印度洋和东南亚时，德雷克是成功地横渡太平洋、南洋（南中国海）、印度洋的第一位英国人。德雷克一路抢劫，从西班牙人、葡萄牙人到土著苏丹，从南美洲、大西洋、太平洋到南洋，从陆地到海洋，只要有机可乘无一放过。他一路凭借武力巧取豪夺，在1580年回到伦敦后，所带回的金银珠宝、香料等奇珍异物，总值超过60万英镑。他用来孝敬英国女王的部分，就已超过当时英国一整年的国库收入。
德雷克的例子并不是特例，在16世纪末-17世纪，欧洲来的海盗和欧洲各国政府所特许的海上私掠等，持续在东南亚一带肆虐。西班牙的探险家米格尔·洛佩斯·德莱加斯比，被荷兰人认为是英雄的奥利佛·凡诺以及英国人、法国人，或是北欧的丹麦人，都不断地在苏门答腊、爪哇、马来半岛一带抢劫来往商船。到17世纪末，一些欧洲人更与东南亚当地人勾结，在马六甲海峡掳掠来往的中国船只，在南中国海抢劫来往日本和马尼拉的西方商船。有些西方海盗甚至还得到东南亚当地土司苏丹批准，带领由东南亚当地人所组成的船队，专门抢劫来往的船只呢！自1700年后，除了一些加入东南亚当地海盗集团的西方人之外，东南亚地区由西方人所主导的海盗行为多已敛迹，这是因为西方国家在其他地区镇压海盗的行动奏效，连东南亚地区都受到影响。但是西方政府所特许的“海上私掠”（privateering）仍持续活跃于太平洋及东南亚海域，专门劫掠来往船只。除了私掠船队外，欧洲各国的海军，也继续他们的海上竞争活动，如英国的皇家海军，在英国对西班牙宣战期间，在南中国海的海域就获利丰厚。总而言之，自16世纪到18世纪，西方势力之间在东南亚时起时休的政治冲突与经济矛盾，使得与他们有关、发生于东南亚水域的海上劫掠事件，很难区分到底是各国政府所特许的私掠行为、海盗行为，还是纯粹的战争。
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