荒漠生态系统研究主要集中在荒漠植被退化与演替、荒漠河岸植物对干旱胁迫的响应与适应性、荒漠生态系统的稳定性、荒漠生态系统碳循环等方面。研究发现，在植被退化和逆向演替过程中，以胡杨林为优势种的群落类型的变化为：乔木灌丛草本群落阶段-乔木、灌丛群落阶段-乔木群落阶段或灌丛群落阶段。这一研究结果对认识干旱区自然植被演替和进行受损生态系统的恢复重建有重要科学意义。另外，研究还发现干旱区土壤无机碳作为碳酸盐的重要组成部分可能对寻找全球“碳失汇”意义重大。
森林生态系统具有重要的水文调节功能。我国主要森林生态系统水文功能比较研究发现，森林生态系统的降水截持功能主要靠土壤非毛管孔隙的调节，占综合调节能力的90%以上；其次是枯枝落叶层的调节，约为3～10mm;而森林冠层的调节能力相对较弱，多在2mm以内。森林土壤的调节能力受制于森林的作用，只有在保持良好的森林和地被物覆盖条件下，土壤的调节功能才可能得到最大限度的发挥。
作为中国生物多样性保护的热点地区，海南岛热带林生物多样性形成机制研究发现：森林生物多样性形成机制与古植物区系的形成与演变、地球变迁与古环境演化有密切关系，地形、地貌、坡向和海拔高度所引起的水、热、养分资源与环境梯度变化对森林群落多样性的景观结构与格局产生影响，从而形成异质性的森林群落空间格局与物种多样性变化。自然和人为干扰体系与森林植物生活史特性相互作用是热带森林多物种长期共存、森林生物多样性维持及森林动态稳定的重要机制。
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