二、现场调查
选案完成后，主管税务机关一般会向被调查企业发送《税务检查通知书》，并与企业商定现场调查的时间。
在选案阶段，主管税务机关已经对被查企业的基本财务状况与关联交易数额有了基本的了解。在现场调查阶段，税务机关会向企业的财务人员就相关问题作出更细致的询问，如关联与非关联交易利润分割情况、集团转让定价策略和集团供应链利润情况等。
除此之外，主管税务机关在现场调查阶段会更关注与企业各个营运部门的约谈，以期全面了解企业的日常运营模式、交易模型、功能与风险状况等，由此为日后制定转让定价调整方案提供重要的依据。
在进行现场调查时，税务机关须派驻2名以上工作人员前往，需要调取企业账簿或有关资料时，调查人员会填写《调取账簿资料通知书》与《调取账簿资料清单》并交予企业留底。对于在实地核查中发现的问题和情况，调查人员会填写《询问（调查）笔录》，如实进行记录。
三、追加资料索取
在完成现场调查后，主管税务机关也有可能向被调查企业、被调查企业的关联方，甚至是第三方可比企业索取相关资料。特别是当被调查企业由于未达到法定关联交易金额或出于其他原因尚未准备同期资料的，税务机关很有可能要求企业立即开始准备并递交该资料，以全面了解公司的营运状况与转让定价操作。
税务机关在该阶段索取资料时，应出具《税务事项通知书》。如税务机关要求被调查企业提供资料，则被调查企业应该依照该通知书中所指定的期限递交。因特殊情况需要延期的，被调查企业应向税务机关递交书面申请，并经过税务机关正式批准后获得延期。税务机关提供的延期最长不得超过30日。
税务机关如要求被调查企业的关联方或第三方可比企业提供相关资料的，应与两者约定递交期限。约定期限一般不应该超过60日。
四、调整分析与初步调整通知书
1.企业可比性因素分析表
如果被调查企业已经向税务机关递交了可比性分析资料或转让定价同期资料，税务机关一般会要求企业填写《企业可比性因素分析表》。该表主要分析比对被调查企业与资料中列举的可比公司在交易资产或劳务特性、功能风险、合同条款、经济环境和经营策略的可比度。关于该表的详细信息请参见本书附件4。
税务机关在企业递交的年度关联申报表、转让定价同期资料、《企业可比性因素分析表》以及其他资料的基础上，编制《企业关联关系认定表》、《企业关联交易认定表》和《企业可比性因素认定表》，并由被调查企业核对确认，作为对涉案企业之关联方、关联交易以及关键可比性因素的进一步认定与记录。
2.转让定价方法选择
在取得各种资料并对其分析后，税务机关会选择合理的转让定价方法来评估企业关联交易是否符合独立交易原则。这些转让定价方法即为2号文中所明确的各种方法，包括：可比非受控价格法、再销售价格法、成本加成法、交易净利润法、利润分割法以及其他符合独立交易原则的方法。
在中国目前的转让定价调查实务中，交易净利润法是最普遍使用的方法。
3.可比性分析
在选定转让定价方法后，税务机关会相应进行可比性分析.以进一步评估被调查企业的关联交易是否符合独立交易原则。在应用最普遍的交易净利润法下，一般通过使用BVD等数据库来搜索可比公司，进行可比性分析。不过在某些情况下，税务机关也会考虑使用非公开信息资料以充实分析的可比程度。
若可比性分析的结论显示被调查企业的关联交易符合独立交易原则，税务机关则应该结束调查并向企业送达《特别纳税调整结论通知书》。
反之，若税务机关初步认定被调查企业的关联交易未遵循独立交易原则，则税务机关会基于可比性分析的结论拟定初步调整方案。
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