在太平洋战场上，斯通领导的海军G科通过对日本情报的破译为珊瑚岛海战以及中途岛海战的胜利提供了重要的情报支持。1944年4月16日，斯通被任命为“威斯康星”号战列舰首任舰长；1945年3月23日，斯通又被晋升为准将，同时升任为太平洋舰队通信官；二战结束之后，斯通担任了海军通信主任。
在二战后，美国军费的急剧缩减影响到了各个部门，通信情报组织也不例外。为了避免通信情报方面的重复浪费，美国政府意识到，必须建立一个统一的通信情报组织。1949年8月，在国防部长詹姆斯·文森特·弗雷斯特尔的指示下，一个为探讨建立统一通信情报组织的委员会诞生了。委员会由6名军官组成，每个军种派出2名代表，其中，斯通就是海军方面的代表。
经过几个月的探讨，由于海军和空军都不想放弃独立的通信情报组织，最终这个设想不了了之。
在弗雷斯特尔去世后，接替他职位的国防部长刘易斯·约翰逊令约瑟夫·麦克纳尼将军继续跟进对通信情报部门的整合。最终，在国会的压力下，海军和空军被迫作出让步，同意将三军的通信情报机构进行合并，但同时，每个军中依然保留着自己的通信情报组织。1949年5月20日，在约翰逊部长的密令下，武装部队安全局悄然成立。武装部队安全局的使命是“负责除指定海陆空军单独进行的通信情报和通信保密活动外的所有通信情报和通信保密活动”。武装部队安全局的局长将由各个军种轮流选派，任期为2年一届。
1949年6月15日，斯通被选定为首任武装部队安全局的局长。由于武装部队安全局是一个高度机密的组织，甚至连名称也不能向外透露，因此，斯通的任命也是在暗处进行的。为了避免引起众人的注意，对于斯通的下落，新闻处长只是含糊宣布：“斯通少将已经调职到参谋长联席会议。”
在武装部队安全局成立之际，一个顾问机构也随之而建立了，这个顾问机构被称为“武装部队通信情报委员会”。最初，该委员会只担任顾问的角色，对于通信情报和通信安全的相关政策、计划以及原则的制订与实施，其主要责任还是在武装部队安全局手中。但此后不到2个月的时间，参联会突然修改了武装部队通信情报委员会的章程，将武装部队安全局的大部分职能让渡给了这个“顾问机构”。一时之间，武装部队安全局从一个“统一”机构转变成为了一个“联合”机构。
1949年11月，武装部队通信情报委员会正式更名为武装部队安全局委员会，局长斯通出任委员会常任主席。该委员会由10名成员组成，三个军种各派出三名代表，再加上斯通。由于各个军种的代表最先考虑的始终是自己军种的利益，而按照委员会的章程规定，重大事项的决定必须要委员会成员一致通过才能实施，因此，在很长一段时间内，委员会的决策变得非常困难，委员之间几乎完全无法达成一致。
虽然成功建立了统一的通信情报部门，但实际上，美国此刻的通信情报工作依然还是在海陆空军三巨头的控制下。在斯通就任局长的第一年，一直致力于各个情报部门之间的整合以及对通信情报和通信安全活动制定相关的管理政策及程序。
在设施整合方面，斯通将机构内的工作人员按照通信情报和通信安全的职能划分为两个区块，一个区块的人员安置在阿林顿大院，另一个区块的人员则安置在海军安全站。由于斯通是海军出身，故而武装部队安全局总部以及行政机关很自然地设在了海军安全站。
在工作整合方面，斯通设置了通信情报督导组、通信安全督导组、研发督导组以及行政督导组四个小组。其中，通信情报督导组的主要职能是负责整合武装部队安全局旗下的业务部门，并最终将这些部门改组成为了武装部队安全局的业务处，由负责该督导组的雷德菲尔德·马森上校担任处长。
据一份斯通向武装部队安全局委员会提交的工作进度报告中显示，自1949年7月15日武装部队安全局展开运作以来，6个月内，斯通完成了全部设施以及人员的交接及整合工作。
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