该“二次管理”是相对于司法行政部门对鉴定机构的管理而言的，《决定》第3条规定：国务院司法行政部门主管全国鉴定人和鉴定机构的登记管理工作。省级人民政府司法行政部门依照本决定的规定，负责对鉴定人和鉴定机构的登记、名册编制和公告。由此可见，鉴定机构和鉴定人实行的是“名册公告”制度，由省级人民政府司法行政部门负责对其资质进行管理。所谓的法院“二次管理”就是案件受理后，遇有当事人申请鉴定以及法官依职权认为需要进行鉴定时，不是由当事人或法官在所有具有鉴定资质的鉴定机构中进行选择，而是将鉴定材料交给司法技术辅助部门，由其审核决定是否送检，并只能在其安排的备选鉴定机构中通过摇号的方式选择鉴定机构。此时，法院的司法技术辅助部门对鉴定机构的管理形象的称之为法院的“二次管理”。
司法技术辅助部门是法院内部统一对外委托司法鉴定事项的机构，它的职责是为法官提供技术咨询与技术审核。当法官遇到一些由于其自身知识所无法解决的专业性和高科技性问题时，无论是大陆法系的“法官辅助人”制度还是英美法系的“专家证人”制度，均是由具有一定专业知识与技能的人来协助法官“将深奥的只有专业人员才能理解的专业知识转化为一般人能理解的知识”。因此，从鉴定到认定事实的过程中，只存在鉴定人的协助与法官对事实的认定，二者之间无需第三方的介入。
本书认为，目前法院“二次管理”模式与《规定》和《民事诉讼法》的价值取向和立法思想不相符。首先，在鉴定机构的选择权问题上，“合意”优于“指定”既是现代国际民事法发展的趋势，也是我国当今的立法价值取向。大陆法系国家主要实施法官指定鉴定主体模式，鉴定为司法服务。由于鉴定意见是法定证据种类的一种，举证责任在双方当事人，法官这样做难免有越俎代庖之嫌；同时，鉴定意见不经质证、认证，也会导致双方当事人对鉴定结果的不信任。英美法系在传统对抗制模式下，当事人双方自行选择专家证人。此时的专家证人需要“忠于”委托人意愿，可能会有意识的提供有利于委托人的意见，其意见可信度可能使当事人产生不信任。两大法系均认识到自身制度的不足，逐渐走向融合的趋势。大陆法系开始注重当事人的“合意”，以德国为例，德国将当事人的合意意见作为约束法院选择的方法。德国《民事诉讼法》第404条规定：法院可以要求当事人指定适合作为鉴定人的人；当事人一致同意某特定人为鉴定人时，法院应即听从该一致意见。英美法系为了防止鉴定意见多样导致鉴定资源浪费，赋予法官一定权限。1942年美国模范证据法典这样规定“无论民事诉讼抑或刑事诉讼中，法院认为必要时，得依职权或当事人申请，选一人或数人为专家证人。当事人合意指定专家者，法院应依其合意选任之。”我国的《规定》第26条和《民事诉讼法》第76条也明确规定了当事人协商选择优先权，在当事人协商选择不能的条件下，才由法院“指定”。
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