《郡斋读书志》按四部分四十二类①（经部十类，史部十三类，子部十七类②，集部三类），全书有总序，叙历代撰目经过及所以依四部分类的缘由。每部有总论（即大序），列所属各类，并述各部学术源流、派别，评论得失特色。如史部序在列所属十三类后又收史者三体——编年、纪传、实录，述其特点，评其得失，颇便学者。然类名小序与分述颇有不同，如史部小序有目录类而分述作书目类。子部小序有纵横类、天文历算类、类家类、杂艺类和医书类，而分述则作纵横家类、天文卜算类、类书类、杂艺术类和医家类。二者异辞但难定优劣。各书有提要，在书名之后对作者生平、全书主旨、学术源流、篇第次序均按不同情况有所论述，但多偏重于考订。稍后的目录学家陈振孙推崇他的提要是“其所发明，有足观者”①。并且也为后世考订典籍所借助。元马端临撰《文献通考·经籍考》即多以此为据。各书尚记版本沿革、文字异同、墨色特征和存亡掌故等。
《郡斋读书志》向有袁本、衢本之分，而于其由来语焉不详。原来在衢、袁二本之前已有一个四卷本的“蜀本”，这是《郡斋读书志》的最早版本，约在绍兴末年刊行。亦即袁本的前四卷。在蜀本刊后近九十年，淳祐九年（1249年）衢州守游钧重刻蜀本时，衍为二十卷，增补了一些由晁氏门人姚应绩所编的晁氏题识，这就是衢本。在衢本刊刻的同时，袁州守黎安朝也在重刻蜀本，卷数照旧，但请家富藏书的赵希弁将所写各书题识编为《附志》一卷增补于晁志之后，“俾得托晁氏而并传，抑以寿赵君之所藏，博极君子，当有取于斯”②。次年，袁本约将刻竣时，又见到新刊衢本，于是立即以蜀本参校，将姚氏所增编为<后志》二卷，又加入一卷赵希弁的《考异》③，这就是袁州的真本。袁衢二本刊出后不久即失传，袁本直至康熙末年陈师曾获旧钞袁本而得刊刻问世，四库全书著录的即此本。衢本则乾隆时瞿中溶得旧钞本，嘉庆己卯汪士钟得此钞本，请校勘家李富孙详校后刊行，衢本始有流传。清末王先谦以袁本校衢本，仍作二十卷，并附赵希弁附志而合刊，成为《郡斋读书志》的善本。当今通行本尚有《四部丛刊》三编影印宋袁州刊本。
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