这些文件出台的目的是深化政府信息的公开，很多规定也确实在目前的信息公开水平上提出了新的要求。但另一方面，有些规定缺乏对信息公开工作的长远考虑，有可能对未来政府信息公开以及财政信息的公开产生一些障碍，主要有以下问题①：
第一，“各级政府财政部门负责本级政府总预算、决算的公开，各部门负责本部门预算、决算的公开。”各级政府财政部门负责本级政府总预算、决算的公开是应该的，然而，它们在信息公开上的职责不应仅限于此。各级政府财政部门负有审查和监督所属各部门预算的职责，必定能够取得并且需要保存各部门预算。由财政部门将这些部门预算以统一、集中的方式向社会公开，既可以节约政府预算公开的成本，又可方便公众了解和监督预算。
第二，“一般预算收支预算表和一般预算收支决算表的收支项目按照《政府收支分类科目》的收入分类和支出功能分类基本编列到款级科目。”按“收入分类和支出功能分类基本编列到款级”的预算只能提供十分粗略的信息，公民无法了解其实际内容，更不能对预算进行有效的监督。根据这一规定，我国预算收支科目规定的重要分类——按经济性质分类的支出信息不在规定的公开范围内。支出按经济性质的分类是部门和单位必须记录和保存的信息，社会公众较为关心，并有较强的识别和判断能力，可以通过这一视角更好地发挥监督作用。不公开这一分类的信息，将使预算公开的意义大打折扣。
第三，“对一些要求公开项目较多的申请，可要求申请人按照‘一事一申请’原则对申请方式加以调整：即一个政府信息公开申请只对应一个政府信息项目。”什么是“一事”？是指一个信息还是一组信息？是一个数据还是一类数据？这一规定在概念上不清晰，容易给信息公开申请带来不必要的麻烦，成为有关部门拒绝提供信息的一个借口。例如，上海财经大学公共政策研究中心对省级财政透明度调查项目不得不将原先的一次申请拆分为113次申请，获得信息的成本大幅增加，但获得的信息并不因此而有所增加。
第四，“对申请人申请公开与本人生产、生活、科研等特殊需要无关的预算信息，可以不予提供。”这一规定损害了公民的预算知情权。按这一规定，以了解和监督政府为目的的信息公开申请就会被拒绝。个人有权要求政府提供预算信息的根本原因不是因为他有个人的“特殊需要”，而是因为他具有每一个公民都具有的“一般需要”，他是纳税人，是政府公共服务的对象，是有权利也有责任参与和监督公共事务管理的公民。公民的预算知情权不能因为没有本人的“特殊需要”而被否定。
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