“新三板”的监管机构包括证券业协会、证监会、深圳证券交易所、证券结算登记机构以及地方政府等机构。证券业协会是“新三板”的形式监管者，主要制定“新三板”市场运行规则；对“新三板”市场进行直接监管。监管的方式主要有接受挂牌企业备案、接受情势变更备案和监管券商及从业人员行为。而证监会是实质监管者，批准“新三板”挂牌企业定向增发，研究扩容方案，探索降低个人投资者准入限制等，是“新三板”导向的实质推动者。深圳证券交易所为“新三板”提供交易平台。证券登记结算机构是“新三板”中的挂牌企业股份的登记机构，也是券商所托管股份的存管机构，证券登记结算机构对“新三板”市场股份的流通情况进行有效统计，是主办券商代为申报买卖股份时对可交易股份进行核对的依据和交易的载体。地方政府要进行资格审批，对挂牌企业提供财政等支持。
“新三板”市场的投资者应当具备相应的风险识别和承担能力。根据投资者适当性制度，投资者可以是：机构投资者；公司挂牌前的自然人股东；通过定向增资或股权激励持有公司股份的自然人股东；因继承或司法裁决等原因持有公司股份的自然人股东；协会认定的其他投资者；自然人投资者，只允许买卖其持股或增持公司的股份，不得买卖其他挂牌企业的股票。对机构投资者完全开放，但对自然人投资者的资格限制较为严格。根据2013年发布的《全国中小企业股份转让系统业务规则及细则（试行）》办法，投资者参与挂牌公司股票公开转让等相关业务，应当熟悉全国股份转让系统相关规定，了解挂牌公司股票风险特征，结合自身风险偏好确定投资目标，客观评估自身的心理和生理承受能力、风险识别能力及风险控制能力，审慎决定是否参与挂牌公司股票公开转让等业务。投资者适当性管理，机构投资者包括注册资本500万元以上的法人机构、实缴出资总额500万元以上的合伙企业、集合信托计划、证券投资基金、银行理财产品和证券公司资产管理计划。自然人投资者本人名下前一交易日日终证券类资产市值300万元人民币以上。证券类资产包括客户交易结算资金、股票、基金、债券、券商集合理财产品等，信用证券账户资产除外。具有两年以上证券投资经验，或具有会计、金融、投资、财经等相关专业背景或培训经历。
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