《国家创新调查制度系列报告：国家创新指数报告（2013）》借鉴了国内外关于国家竞争力和创新评价等方面的理论与方法，从创新资源、知识创造、企业创新、创新绩效和创新环境5个方面构建了国家创新指数的指标体系。本报告继承了以前的指标体系结构，即国家创新指数由5个一级指标和30个二级指标组成。但在二级指标选取上进行了局部调整，增加相对指标，减少规模指标，力求更好的反映创新质量和效率。兼顾指标含义和数据可获得性，本次调整了7个指标，一是去掉了“每百人互联网用户数”、“高技术产业增加值”和“高技术产品出口额”3个指标，增加了“有效专利数量”、“万名企业研究人员拥有PCT专利数”和“企业研究人员占全社会研究人员比重”3个指标；二是微调了4个指标，将“R&D经费总额”、“发明专利授权数”、“每万企业研究人员拥有三方专利申请数”、“高技术产业增加值占GDP的比重”分别改为“R&D经费占世界比重”、“万名研究人员的发明专利授权数”、“三方专利总量占世界比重”和“知识密集型产业增加值占世界比重”。20个定量指标突出了创新规模、质量、效率和国际竞争能力，同时兼顾大国小国的平衡；10个定性调查指标反映创新环境。

第一部分 从数据看中国
一、从主要指标看中国的进步
（一）创新资源投入持续增强
（二）知识产出总量优势显著
（三）科技对经济发展贡献稳步提升
二、中国创新在世界中的位置
（一）中国创新能力超越处于同一经济发展水平的国家
（二）中国创新能力继续领跑金砖国家
（三）中国创新能力提升空间仍然较大
三、国家创新指数指标评价
（一）创新资源投入排名趋稳
（二）知识创造能力继续保持快速提升
（三）企业创新位居世界中上游
（四）创新绩效喜忧参半
（五）创新环境不断改善
四、中国创新能力的发展与展望
（一）指数增长显示创新能力迅速提升
（二）中国创新彰显大国创新之路
（三）“十二五”规划目标可望全面实现

第二部分 专题分析
五、中国区域创新分析
（一）从数据看区域创新
（二）中国区域创新格局
六、中国企业创新能力分析
（一）企业创新总体评价
（二）企业创新结构特征
七、中国发明专利发展态势分析
（一）发明专利申请领跑全球
（二）发明专利申请质量稳步攀升

第三部分 方法数据
八、评价方法
（一）评价思路
（二）指标体系
（三）计算方法

附录
附录一 指数指标测度值与排序图
附录二 指标解释