营养缺乏有原发性和继发性两类。原发性病因指单纯摄人不足，可以是综合性的各种营养素摄人不足，也可以是个别营养素摄人不足，而以前者为多见。继发性病因指由于其他疾病过程而引起的营养素不足，除摄人不足外，还包括消化、吸收、利用、需要等因素的影响。
最常见的是食物摄人不足，其原因可以是原发的，也可以是继发的。原发性摄人不足中，因灾害或战争等社会因素引起的食物不足常是综合性缺乏，但在表现上则以热能蛋白质营养不良为主。一般情况下，偏食可引起某种营养素缺乏，有时某人群的习惯性偏食甚至可导致某种营养缺乏病的流行。食物因加工烹调不合理而破坏营养素，虽其摄人量并不少，但亦可发生缺乏，如水溶性维生素的缺乏中，食用精白米面和丢弃米汤常是脚气病的主要原因，蔬菜先切后洗，烫、漂、捞、挤将使大部分维生素C遭受破坏。
由于身体的各种原因，妨碍营养素的吸收与利用，或因病理生理需要增多而不能及时供应，或因某种原因使营养素在体内的破坏和排泄过多而造成营养素缺乏。有营养素吸收不良、营养素利用减少、营养素损耗增加、营养素需要增加等情况。如人体生长发育旺盛及妊娠、哺乳等生理过程中，营养素需要量明显增加。在妊娠的初期必须增加叶酸需要量，以适应胎儿组织生长发育的需要。到妊娠后期胎儿成熟，体内要有一定的营养素储备，此时母体对蛋白质的需要量必然增加，如营养供给不足则使胎儿生长缓慢，骨骼或脑的成熟过程可能发生障碍。乳母为了保证乳汁的分泌量和其营养成分，各种营养素的需要量都明显增加。此时如果有营养素吸收不良、利用减少和损耗增加的情况，则更容易发生营养缺乏。
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