但是吴起变法触犯了楚国贵族利益，贵族们想谋害吴起。周安王二十一年（前381年），楚悼王死后，王公大臣叛乱而攻击吴起，吴起跑到楚悼王的尸体旁，伏在尸体上，意在以此或者可使作乱者有所顾忌，若作乱者射吴起必中王。而楚国的法令规定，凡伤及先王尸体者，要一律被处死。但追杀吴起的楚贵族们还是射杀了吴起，箭也射到了楚悼王的身上。悼王下葬后，其子即位，就派令尹（楚国的最高军政官员）将因箭射吴起而同时射中悼王尸体的人全部杀掉。结果，由于箭射吴起被诛灭宗族的有七十多家。
吴起的改革没有像子产作刑书一样享受“与人之诵”的待遇，他虽然也曾让楚国日臻强盛，但终因树敌太多而未得善终。吴起变法所以会失败，一是因为迫使贵族开荒耕植，二是因为极大的扩充军备，把兵战之苦转嫁给下层人民，破坏了生产，使百姓怨声载道。后人以为他“以兵弱楚，”就是这个道理。与后来商鞅变法的主张相比，吴起的变法就缺乏那种以耕为首、以耕为战的特点。古人曾说：“吴起支（肢）解而商君车裂者，不逢世遇主之患也。”4.内修文德外治武备吴起在政治、军事诸方面积累了丰富的经验，他把这些经验深化为军事理论。《汉书·艺文志》著录《吴起》48篇，已散佚，今本《吴子》六篇（《图国》、《料敌》、《治兵》、《论将》、《应变》、《励士》），系后人所托。其主要谋略思想是：“内修文德，外治武备”。他一方面强调，必须在国家和军队内部实现协调和统一，才能对外用兵，提出国家如有“四不和”，就不能出兵打仗；另一方面强调必须加强国家的军事力量。从《吴子》中，可以领略他杰出的军事思想。
吴起认为，战争是一种社会现象。为此，他对战争的根源作了论述。他说：“凡兵所起者有五：一日争名，二日争利，三日积恶，四日内乱，五日因饥。”吴起这种看法停留在表面上，他对“争名”、“争利”、“积恶”、“内乱”，是何原因引起，“因饥”的根源何在，并没有深入分析。但是，他从社会方面去寻找战争产生的原因，在当时还是有进步意义的。
在战争与政治的关系上，他强调把政治放在首位，但又非常重视军事。一个国君若是只讲求文德而废弃武备，或者依仗兵多能战，都会亡国。要使国家治理得好，必须既要重视政治，也要重视军事。从这个思想出发，吴起在西河一方面注重军事改革，一方面从事政治、经济的改革，为魏国的富强奠定了基础。
吴起从战争实践中认识到，只有一支训练有素的军队还不够，还必须有安定的后方。因此，他说：“必先教百姓而亲万民。”只有国内人民和前方军队团结一致，才能打胜仗。他主张：“有道之主，将用其民，先和而造大事。”
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