王应麟在注释过程中，注意对名物制度、学术问题等究根溯源。这是王应麟在注释方面的一个突出特点。
首先，王应麟注意考释名物的起源。一般认为，我国最早考释名物的著作当推《尔雅》。逮至宋代，又有《事物纪原》一书专考名物起源及沿革，明人李果序云：“事事物物，皆有本原。不求其原，譬犹睹黄河而不知其出于昆仑也，观天地而不明其由于浑沌也。欲知其原，或一事载于数书，或一物见于群议；虽谈叟不能遍观而尽识，总龟不能一览而无余。”①抑或出于同种见识，便于人们了解事物的发生发展，对文献的内容获得深入理解，王应麟亦注重考释名物之始。在《困学纪闻》中，他对姓氏、人名、地名、制度、风俗等各种名物，无不穷本讨源，追根究底。例如，该书卷五《礼记》中，“古以车战。春秋时，郑、晋有徒兵，而骑兵盖始于战国之初”条。为考察骑兵之始，王应麟首先追溯其起源。产生于东周末年的《曲礼》云“前有车骑”、《六韬》言“骑战”，此后，《左氏传》“左师展将以昭公乘马而归”，《公羊传》“齐、鲁相遇，以鞍为几”，可见战国之初“已有骑之渐”。再如该书卷十二《考史》中，“《崇文总目》：《史隽》十卷，《汉隽》之名本于此”。为了使人们更好地理解《汉隽》一书命名的含义，王应麟举出了与书名相似的《史隽》一书。又如，卷十《诸子》中，王应麟引《地员篇》的记载“管仲之正天下也，其施七尺，渎田悉徙，五种无不宜。其立后而手实”，指出：“手实之名，始见于此。”可见，王应麟溯词语的起源以解释名物，目的在于：一是通过查找起源，以最早的记载分析这些名物产生的大致年代；二是通过最早的记载了解这些词语的初始含义。
其次，考究某种学术问题的滥觞。例如《困学纪闻》卷十三《考史》中，对“三国鼎峙，司马公《通鉴》以魏为正统”，王应麟注日“本陈寿”；“朱子《纲目》，以蜀汉为正统”，王应麟注日“本习凿齿”。又如，该书卷十七《评文》中，“崔驷《西巡颂表》日：‘唐、虞之世，樵夫牧竖，击辕中韶，感于和也。’《班固集》日：‘击辕相杵，亦足乐也”’。王应麟注日：“曹子建书‘击辕之歌，有应风雅’，柳子厚云‘击辕拊缶’，宋景文云‘壤翁辕童’，皆本于崔、班。”又如该书卷十九《评文》中“俗语皆有所本”条，对116个俗语的来历出处进行了标注。这不但反映了王应麟的博学多识，扩大了注释的范围，也是一次学术史研究意义上的总结。
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