《南京大屠杀史料集》分若干专题，汇集了来自各方面的史料。本史料集收集了日军连续不断轰炸南京和中国军队为保卫首都南、京与来犯日军进行顽强作战的档案材料。其中，包括中方有关作战计、划、战斗方案、作战命令及执行情况，蒋介石与南京战役指挥官唐生智等人的往来文电，各参战部队的战斗详报、战况报告、战斗序列，中方参战部队的撤退与损失情况报告、战役总结，以及参战人员的回忆资料等。
本史料集收集了日军南京大屠杀遇难者尸体掩埋情况的大批资料。其中，集中了迄今为止最为完整的中国、日本及西方国家有关南京大屠杀中尸体掩埋和处理的原始档案和回忆资料；集中了各慈善团体、市民团体、安全区国际委员会、伪政权掩埋尸体的资料，以及日军处理遇难者尸体的材料。我们还发现了一些新的慈善团体和伪政权机构埋尸的原始档案。埋尸记录材料是日军实施南京大屠杀最有力的证据。
本史料集收集了大量的侵华日军官兵的日记、书信、回忆和证言。作为加害者，日军华中方面军所属部队的官兵是南京攻击战和南京大屠杀的直接参与者和见证人。战争期间，他们中间的一些官兵曾将自己在战场上的亲身经历、所作所为、内心感受以及某些见闻，以日记形式记载下来，或在书信中较多地流露出来。战后，这些日记、书信陆续被披露或出版。它是日军在南京实施暴行的真实记录。
本史料集收集了一大批西方人士和美英德外交机构及驻华使领馆关于南京大屠杀的文字史料。众所周知，日军攻陷南京后，一批英、美、德等国的新闻记者、传教士、教师、医生、企业机构和使领馆人员，以其中立的身份，得以留在南京。他们是日军在南京实施各种暴行和破坏活动的目睹者，亲历了古城南京的这场浩劫。新闻记者以其良知真实地报道了南京屠城的情景，众多的报道发表在美国《芝加哥每曰新闻报》、《纽约时报》、《华盛顿邮报》及前苏联、意大利、中国等国的报刊上。在南京的外国传教士、教师等，在积极建立国际安全区救助受难南京市民的同时，写下了许多日记、书信和各种文字材料，详尽、真实地记载了南京人民的那段苦难历程。大批第三者的亲历史料是日本右翼无法推翻的铁证。 本史料集收集了一批南京大屠杀幸存者的证言。其中，重要的如原金陵女子文理学院难民所负责人程瑞芳女士的日记，她逐日记载了日军的暴行。也还有幸存者在南京事件后撰写的大量回忆，如《陷京血泪录》、《陷京三月记》等。本史料集还收录了一批幸存官兵、幸存难民的回忆等。这些材料都具有重要的史料价值。
本史料集收集了远东国际军事法庭和中国国防部审判战犯军事法庭的史料。其中选录了东京审判的相关法律文件。在有关南京大屠杀起诉证据方面，首次翻译出版了大量经法庭确认的有关证据，如审问松井石根记录、审问武藤章记录及证人的书面证词等。也完整地介绍丁东京审判的过程，介绍了控辩双方对证人的质证等，读者阅后完全可以对日军的罪行作出正确的判断。1953年，中国曾翻译出版了《远东国际军事法庭判决书》。《南京大屠杀史料集》再次就英文原件作了新的翻译，希望译文更准确、更符合原意。本史料集还介绍了中国国防部审判战犯军事法庭有关审判战犯的国际法、中国刑法等法律依据，介绍了法庭的组成、审判条例、量刑标准及审判的全过程。
本史料集收集了战后国民政府所做的大量有关南京大屠杀的调查统计材料。国民政府还都后，从1945年底到1947年初，首都警察厅、南京敌人罪行调查委员会、南京市抗战损失调查委员会、南京大屠杀案敌人罪行调查委员会和国防部审判战犯军事法庭，先后分别从不同的角度对南京大屠杀案进行过较为深入的社会调查。前期调查内容的重点为战争损失和民众受害情形，后期重点则为日军在南京大屠杀中的暴行事实。其中由南京市临时参议会所主持的南京大屠杀案敌人罪行调查委员会，是为了远东国际军事法庭的审判而成立的，其调查表对被害人、证人和调查者均有较为详细的记录，调查方法具有相当的专业性质。其调查程序、表格设计、证人证词等均具有法律意义。1946年11月9日，国民政府内政部抗战损失调查委员会改称行政院赔偿委员会。本史料集主要收录其存档中大批关于南京沦陷初期的人口伤亡与财产损失的统计材料。这些都是有关南京大屠杀的珍贵史料。
本史料集还编纂了南京大屠杀遇难者的名录，这是一项困难细致的工作。经过努力，我们从大量原始档案中，并通过向幸存者调查，搜集到大批遇难者名单及其受害简况。这批名单，均注明资料来源和原始出处，它为研究者提供科学依据。
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