宋神宗熙宁年间，一些史官对负责记录的起居注官职能的局限性提出看法，以为“修起居注之职，古之左右史也，本以记录人主言动，书之典册，以示至公。本朝止令后殿侍立，人主言动无复与闻。欲乞每因后殿侍立，许奏事，更不移牒合门”。于是神宗同意谏官兼修起居注者，后殿侍立亦许奏事，至元丰二年（1079），不兼谏职亦许直前。船旧制原以宰相监修国史，修撰、直馆、检讨无常员，辑时政记、起居注，撰日历，置编修院于门下省。元丰四年十一月，废编修院归史馆，属秘书省国史案。编修院属中书、门下还是秘书省牵涉到其地位的高下。过了十年左右，哲宗元祐占年间，三省奏言：“缘史事最为机密，付之秘书省未便。诏移国史案就见今置局处，专掌国史、实录，编修日历，以国史院为名，隶门下省，更不隶秘书省。”然而到绍兴元年（1131），又在秘书省复建史馆，以修《神宗、哲宗实录》，选本省官兼检讨、校勘，以侍从官充修撰。次年二月初，置著作官二员，编次日历。绍兴三年九月，秘书少监孙进请命前宰执供俱建炎四年（1130）二月以前时政记，仍令修注官补建炎以来起居注，命百司日以朝廷所施行事报秘书省进奏院，月报亦如之。同月，秘书省正字陈祖言请修建炎以来日历，南宋朝廷并予采纳。但其体制较北宋时还是有所变化，绍兴初，实录、国史皆寓史馆；后罢史馆，遇修实录即置实录院，遇修国史即置国史院。孝宗隆兴元年（1163），胡铨迁秘书少监，擢起居郎，提出四项建议：一是记注不必进呈，庶人主有不观史之美；二是唐制二史立螭头之下，今在殿东南隅，言动未尝得闻；三是二史立后殿，而前殿不立，乞于前后殿皆分日侍立；四是史官欲其直前，而阁门以未尝预牒，以今日无班次为辞。乞自今直前言事，不必预牒阁门，及以有无班次为拘。诏从之。可见北宋时史官曾遭受到的限制到南宋时又再度出现，直到孝宗时才恢复正常的机制。
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