据研究，免耕会导致土壤表层的养分富集，而土壤下层养分缺乏，同时，由于没有翻耕，造成土肥难以完全相融，因而前期表层土壤和水层中的养分浓度高，氮肥挥发损失大，加上长期免耕土壤板结，不利于养分下渗和根系生长，因而易造成水稻后期缺肥早衰，影响产量。解决这一难题的主要措施有：一是减少前期施肥量，增加中、后期的施肥量，以减少前期的养分损失和防止后期的脱肥；二是改进施肥方法，改有水层施肥为无水层施肥，以水带肥，将肥料带到土壤下层；三是施用长效肥料和控释肥料，减缓肥料的释放速率；四是增施有机肥，培肥地力，保证后期有充足的养分满足水稻生长的需要。七、其他问题1.除了有机质含量低、砂性重、恶性杂草重的稻田不宜免耕抛秧外，稻田免耕连续时间不宜过长，一般以2～3年为宜，免耕时间过长会使产量下降。
2.快速而有效地除草灭茬是免耕抛秧栽培成败的关键。抛栽前的除草，除了要选择适宜的除草剂以外，必须用清水对药，不能用污水，否则会降低药效；施药时田面必须无水，喷雾器要求雾化程度较好，做到喷药均匀，切忌漏喷；喷施草甘膦类除草剂，若喷施后4小时内下雨，除草效果会受影响，需重新施药；雾化程度越高，效果越好，严禁使用唧水筒喷药。
3.适当增加抛栽量，切忌大苗抛栽。较常规抛栽增加10％左右的抛栽量。免耕抛秧扎根立苗时间长，速度慢，适龄小苗抛栽有利立苗，可以弥补免耕抛栽的缺陷；弱苗、高脚苗抛后不利于立苗，甚至死亡，不利于高产。
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