维萨里以来医学界的诸多工作确立了现代医学的研究对象与研究方法，将超越性的考虑完全置于视野之外，采纳了一种还原论的态度，将人还原为只是一个物理性的、肉身性的研究对象，而不是有爱有恨的一个主体。还原论是现代医学、包括现代科学的基础，正是通过这种还原论，才有可能将我们周遭的一切包括作为一个整体的宇宙都作为我们的研究对象，而不受某些特定的超越性价值的拘束，如此现代科学才得到发展。鲍遇海老师提到了艾什比的理论方法，力图通过对功能系统理论的引入，来化解现有的医学理论中依照解剖学作专科划分而带来的种种问题。这是一个可能带来医学上极大改变的思路。但是我们也可以看到，艾什比的理论建立在实验的基础上，那么从根本上来说他就仍然是还原论的，也就是说仍然是将超越考量置于学科之外的。这是一种必然的结果，任何可证伪的科学理论系统，也必定是还原论的，否则证伪将不可能实现。
但我们还是可以向前再追问一句，还原论的方法是否可以穷尽对医学中所有问题的解答？实际上凌锋老师的演讲中就已经从某个角度回答了这一问题。她说道：“临床医学一门综合科学，是以自然科学、人文科学、宗教为基础的学科。”因为医学首先是为了人的，而人的终极价值恰要在超越性的宗教中来寻获，在摒除了超越考量的还原论下面是找不到的。在极端状况下，正是由宗教所给出的价值决定了医学面临病症的态度，比如安乐死的问题。
金观涛老师所说的“到今天为止，意识仍然是一座高山，意识本身的问题对今天的研究者还具有无限的神秘性”，这一点也恰说明了人类的意识其本身是不可还原的，接受了这一前提才是医学能够做到从终极上来说为一个作为主体的“人”服务的基础。
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