（一）历史与逻辑相统一的方法
历史与逻辑相统一的方法是辩证思维的重要方法，它普遍适用于各个思维领域。对农民工的研究方法也应是历史与逻辑相统一的方法。以理论形态的逻辑体系去反映农民工发展进程的本质和规律，就必须摆脱发展中的自然进程和大量特殊事件的具体细节，从最能体现农民工的本质和规律性的东西入手进行研究。
恩格斯认为：“历史从哪里开始，思想过程就应从哪里开始，而思想过程的向前推进无非就是以抽象的和理论上前后一贯的形式反映历史过程。”所以，科学的研究必须从历史的角度进行。第一，农民工是社会制度的产物。从一般意义上说，国家工业化的过程也就是农民转化为工人的过程，但西方国家没有像我国这样的二元结构的社会制度，因此西方国家的农民工人化的过程，不能称为是农民工的过程，他们的转换是身份的直接转换。而我国农民的转换具有职业转换而身份不转换的特征，这是当前的社会制度造成的。第二，农民工的产生是制度变革的产物。1979年开始的社会变革，使农民逐步解除了制度的束缚。农村家庭联产承包责任制的实行、人民公社体制的废除、允许农民自理口粮进城打工等，使农民重新获得了社会流动的自由。社会制度变革推动了农民工的产生和发展。第三，农民工是社会制度改革不完全、不彻底的产物。社会虽然允许农民流动，但是，社会制度的变革却是缓慢的、逐步的。或者说，由于中国特殊的历史条件、农村人口多、国家城市化发展慢等原因，使农民工长期徘徊在城市的社会体系之外。第四，农民工也必定随着社会制度的变革而终结自己的特殊称呼，农民工转化为市民是大势所趋。
在对农民工的研究中，既要立足于农民工的产生和发展历史，又要从历史发展的纷繁头绪中理清农民工这一中国社会特殊产物在社会历史变迁中带有规律性的东西，揭示农民工在新的时代条件下转变的必然性，认识到农民工转化为工人阶级是社会进步和发展的必然结果。
（二）制度分析的方法
制度分析是马克思主义研究社会现象的重要方法。根据马克思主义对社会制度分析的一般理论阐述和经典研究范例来看，其理论的内在结构在逻辑上由作为制度分析一般结构的理论命题和作为制度本身一般分析的理论命题两部分构成。
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