联合国关于卢旺达特别报告（the Special UN Rapporteur for Rwanda）认为种族大屠杀有三个原因：即对政治权力变更的排斥，种族仇视的有效煽动，以及免罚文化的存在。②这种判断有一定的道理，但这只是对卢旺达种族大屠杀表面现象的分析，并未触及其深层原因。卢旺达种族大屠杀是有其深远的历史原因和深刻的现实社会根源的。
如前所述，卢旺达三大民族胡图、图西和特瓦人虽然其远祖有所不同，但在西方殖民主义到来之前，随着政治、经济和文化的发展，尤其是随着各民族之间的通婚，各民族渐趋融合，相互之间的区别已越来越小。胡图人与图西人之间本无绝对的民族之分，也不存在像科索沃那样的塞尔维亚族和阿尔巴尼亚族两族积怨甚久的情况。殖民时代以前，胡图人和图西人操同种语言，信奉同样的宗教，互相通婚，相互杂居，没有地域之别，居于同一个山间，分享同样的酋长制度下的社会和政治文化。图西人可以成为世代相袭的胡图人，反之亦然。只是到了殖民时代和后殖民时代，这些身份的划分才以危险的种族主义形式固定下来。③
欧洲殖民者进来之后，为了实现其有效统治，有意强化和扩大所谓的种族区别，以便于其扶植一帮卢旺达人统治另一帮卢旺达人，达到“以夷制夷”的目的。尽管如此，当比利时殖民政府在卢旺达引人身份证制度时，已很难从生理、语言或文化上区分谁是胡图人谁是图西人了。殖民当局只好以拥有牛的数量来作为划分的标准，即将拥有10头以上牛的卢旺达人划为图西人，10头牛以下的卢旺达人划为胡图人。众所周知，这种以财富拥有量的多少来划分人群实际上是一种阶级划分方法。比利时殖民政府实际上当时也是用这种阶级的划分方法来扶持卢旺达的贵族，以达到其维护殖民统治的目的。比利时殖民当局为了掩盖真实目的，就以所谓的“种族”标准来分化、瓦解卢旺达人。而且他们在做了这种划分之后，有以血缘继承的方式，规定依父系血统，对卢旺达人的后代划分出图西和胡图两个“种族”来。这种方法十分巧妙而隐秘。这样，就把殖民主义者“人造”的种族主义思想悄然地印在了卢旺达人的脑海中，这是西方殖民者在非洲的惯用伎俩。
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