TCRS的免疫组织化学分析也被用于鉴别早期蕈样肉芽肿和慢性良性炎症性皮肤病，但目前仍不是有效鉴别蕈样肉芽肿与反应性疾病的常规方法。研究表明不同蕈样肉芽肿患者频繁表达相同的TCRS可变区可能提示存在相同的病因和（或）发病机制（如特定的病毒感染细胞）。
TCR基因重排的分子分析是鉴别早期蕈样肉芽肿和良性皮肤病更有用的方法。尤其是检测不同部位皮损的克隆性对于蕈样肉芽肿似乎具有高度特异。当然必须强调，使用标准方法检测蕈样肉芽肿早期皮损中的克隆性时只有50%。60%表现为单克隆性重排，并且有些良性皮肤病也存在单克隆T细胞亚群（如其中的扁平苔藓和硬化性苔藓）。因此单克隆性重排的缺失并不能作为除外蕈样肉芽肿的标准，尤其当临床和（或）组织病理学有可疑特征时。基因重排敏感度低的原因可能与早期草样肉芽肿皮损中肿瘤性淋巴细胞数量较少有关，并且研究显示对标本进行显微切割后可以提高灵敏度。也有通过改进PCR检测技术方法来提高灵敏度，但它们通常太复杂，不适合活检标本的常规检查，并且因为某些炎症性皮肤病可能含有单克隆性T淋巴细胞亚群，故提高敏感度的同时会降低PCR的特异性。因此，目前认为TCR基因重排单克隆模式存在与否仍不能作为早期蕈样肉芽肿诊断的重要标准。
除了炎症性（反应性）疾病，蕈样肉芽肿还应该与其他皮肤淋巴瘤，尤其是细胞毒性NKFT细胞淋巴瘤进行鉴别。鉴别诊断标准将于第6章讨论。
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