2.加强各部门之间的联合执法力度。水源地保护牵涉的部门与单位很多，主要涉及环保局、水务局、发改委、财政局、规划委、建委、工业促进委、农委、气象局、交委、园林绿化局等，由于水资源保护工作的综合性强，涉及地域广，问题复杂，在日常的水源地监管活动中由一个部门单独执法，很难达到好的效果。因此，各个政府部门之间应该建立水资源保护的联动机制，推广在实施《二十一世纪首都水资源可持续发展规划》中建立的上下游联动机制，对水源、供水、用水、节水、排水、治污、中水回用、防洪抗旱、水土保持、生态环境用水等实施一体化的统筹、综合与更精细化管理。统筹管理水源，统筹城乡用水，统筹生产、生活和生态用水，实施流域化的综合精细管理。对各种水资源实行统一规划，统一调度，统一发放取水许可证，统一征收水资源费，统一管理水量与水质。
3.建立健全水源地生态补偿机制。为保障城市供水安全与清洁水质，水源地的经济发展难免受到制约：（1）保护区要关停污染严重的企业，限期治理重点污染企业，永久性禁止高污染项目发展，库区的生产生活体系、交通运输体系等也需要重构；（2）水源地的水污染防治、水土保持、生态林业建设、农业面源污染防治等都需要长期的投入，仅靠当地政府是远远不够的。因此，应该对水源地实施生态补偿，否则会影响水源地的生态环境建设，也不利于提高水源地居民保护环境的积极性。据悉，水生态保护补偿机制目前已在南水北调工程中被采用，2011年北京市人大农村委员会提出，应逐步建立对本市饮用水水源保护区和开采地区的水生态保护补偿机制，但补偿时间尚未明确。22004年8月北京市在全国率先建立了山区生态林补偿机制，同时推动实施碳基金和碳交易，3北京应该已积累了相关经验，水源地生态补偿机制也应该尽快建立起来。
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