二、收入的分类
（一）医疗收入是指基层医疗卫生机构在开展医疗服务活动中取得的收入。包括门诊收入、住院收入。
（二）财政补助收入是指基层医疗卫生机构从财政部门取得的各项补助收入。包括基本支出补助收入和项目支出补助收入。基本支出补助收入包括人员经费补助收入、公用经费补助收入、基本公共卫生服务补助收入。项目支出补助收入包括基本建设补助收入、设备购置补助收入、重大公共卫生服务补助收入等。
（三）上级补助收入是指基层医疗卫生机构从主管部门和上级单位取得的非财政性补助资金。包括：上级业务主管部门调剂余缺，科技、环保等其他部门拨来的非财政预算资金等。财政预算渠道安排的补助不得列入上级补助收入。
（四）其他收入，是指上述规定范围以外的各项收入。包括培训收入、救护车收入、接受社会捐赠、利息收入等。
三、收入的确认
基层医疗卫生机构会计采用收付实现制，因此，单位收入应依据政府确定的付费方式和付费标准等，在实际收到款项时确认为收入。
随着基本药物制度的实施，基层医疗卫生机构实行了药品零差率销售，其经常性收支差额由政府按照在核定任务、核定收支的基础上给予绩效考核补助。部分有条件的地区实行了“收支两条线”，管理。
不同的管理模式，对医疗收入的确认也不同，分别为：实行“收支两条线”管理的基层医疗卫生单位，与病人或医疗保险机构结算医疗款时，不确认医疗收入，要按规定作为上缴同级财政部门款项，只有在实际收到财政专户返还、拨回医疗款后，才能计入单位的医疗收入；未实行“收支两条线”管理的基层医疗卫生单位，与病人或医疗保险机构结算医疗款时，即可以确认为本单位的收入。若财政部门返还、拨付的资金大于上交金额，可将上缴的款项数结转为“医疗收入”，其余列入相应的“财政补助收入”科目；如上缴款项数最终大于财政返还、拨付数的，应在财务决算分析时给予说明。
随着医药卫生体制改革的进一步深化，医保支付方式改革也在同步推进。各地都在不同程度地实施总额预付、按人头付费、单病种（定额、限额）付费等支付方式改革。这几种付费方式的共同之处在于，医保基金与医疗机构的费用结算标准不再采用原来的医疗服务项目收费标准，而是根据不同方法确定的每人次或每病种的收费标准。为此，在实施医保支付方式改革的情况下，医疗机构要根据不同支付方式确定的付费标准作为确认医疗收入额度的依据。
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