2004年冬季南海北部浮游植物各类群在调查海区水体中的垂直分布主要有以下特征：浮游植物（硅藻和甲藻）细胞丰度在10m层出现最大值，但这并不是真正的次表层最大值，因为调查区中出现10m采样层的站位大多数都是近岸水层不超过20m的区域，这些10m层是底层水样，而且这样的站位占整个调查站位的少数。所以，总体的浮游植物垂直分布还是表层最大，随着水深增加，丰度逐渐减少。平面分布主要有以下特征：调查区浮游植物主要分布在表层，一般仅对表层浮游植物的平面分布进行表述。冬季南海北部浮游植物细胞丰度的分布格局是靠近珠江口南部的近岸海域较高，向外海逐渐降低，浮游植物（硅藻和甲藻）密集区分布在陆架区表层水体；在114。E以西的外海水域，细胞丰度有逐渐升高的趋势，在外海南部海域表层水体也出现了浮游植物（硅藻和甲藻）密集区。这种分布格局是由硅藻、甲藻和金藻的共同分布格局决定的。
夏季时南海北部硅藻和甲藻的比率越靠近外海越低，说明在大洋中甲藻的比重增加。受夏季太平洋的高温高盐水团和黑潮水的影响（苏纪兰等，1999），使得近海性浮游硅藻物种和数量大大减少，而大洋暖水性浮游硅藻和甲藻则显著增加。较高的盐度（大于30）和温度（大于30℃）会限制浮游植物生长不利于近岸低盐种的生长繁殖，而对于耐高盐、大洋暖水性的浮游植物（以甲藻类和蓝藻类为主）则有利。而在海南岛东北部由于受冲淡水的影响，盐度低于30，浮游植物的近岸物种多，尤以硅藻类明显。
表层浮游植物细胞丰度的平面分布特征是细胞丰度从沿岸向外海迅速减少，在海南岛东北部和珠江口附近存在几个细胞丰度的高值区，出现这种分布特征是各种环境因素综合作用的结果。珠江口附近海区丰度较高，是因为河口径流带来丰富的陆源物质，不断补充浮游植物光合作用所消耗的营养盐，从而使浮游植物的生长不存在营养盐的限制，故会出现密集区。海南岛东北部受到沿岸水（珠江口径流大量人海）和西北太平洋外海水以及西南季风的作用和影响，海南岛东北沿岸区域营养盐丰富，水体肥沃且相对稳定，给浮游植物生长、繁殖带来了有利条件。而且该海区还存在上升流区，带来富含营养盐的下层较冷海水（袁叔尧和邓九仔，1998），也是形成浮游植物密集的主要原因。
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