相关水事法律规定，水污染纠纷和水事纠纷由人民政府处理，但法律没有明确规定具体由哪个部门处理。跨界水污染纠纷或跨界水事纠纷的处理部门更是缺乏，尤其是跨省级的水污染纠纷或水事纠纷的处理。《水污染防治法》规定，发生水污染事件时，要向环境保护部门汇报，但法律没有规定环境保护部门通过什么程序来处理和回应。
6.利益补偿制度缺位，加重上下游利益冲突
（1）区间经济发展差异与环境保护整体性间的冲突比较严重。中国河流多是由西向东流，由中西部落后地区向东部发达地区流。由于河水污染具有单向性，上游经济落后，是水污染的施害者；下游经济发达，是水污染的受害者。上游经济落后，经济发展优先于环境保护；下游经济发达，环境保护优先于经济发展。因此，既要保护下游生态环境，又要保护上游的经济发展，而目前中国流域管理没有考虑上下游在经济发展与环境保护间的差异。
（2）利益协调机制缺位，凸显区间利益冲突。跨界水资源的利用和保护，需要处理上下游、左右岸的利益，需要考虑不同发展水平下民众的利益。新修订的《水法》中对此没有明确规定，没有从法律上建立流域管理中区间利益协调机制。现行流域管理机构也未被授予区间利益协调权力，区间利益协调机制缺位已成为流域管理之瓶颈。
（3）成本与收益不匹配加剧搭便车行为。水的流动性决定了上游地区的行为主体的行为对下游地区的行为主体的利益产生了较大影响。这种影响的单向性，使流域内上下游间、左右岸间在共同使用水资源时产生了较大的矛盾和冲突，出现了水资源使用中的公平性问题。根据成本与收益规律，谁投入了成本，谁就能为此获得收益；谁享受收益，谁就必然为此投入成本，即成本收益平衡原则。
从上下游来看：为了维持河水的洁净，上游地区必然尽量少向河水排污，多植树造林，保持水土，但少排污和多植树，必然要投入更多的成本。上游地区投入了大量的成本保持了河水的洁净，下游没有投入成本，却与上游一道享受洁净河水，成了“搭便车”者。这种搭便车现象的存在必然导致上游地区减少保持洁净河水的投入，而下游地区也不会有动力投入更大的成本来治理河水。
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