1.集中统一
预算改革，尤其是部门预算和国库体制改革，极大地推动了财政收支的集中统一。前者将原来分散的财政资金分配权集中到财政部门，并由财政部门制定统一的程序和规则来进行规范。后者将分散的账户和资金集中起来，并在资金的使用过程中由财政部门进行监督与控制。这些都使得财政收支的分配和使用不再像原来那样是完全没有监督和控制的。在新的预算制度下，各个部门都必须遵守既定的程序和规则申请并经审查和批准之后才能获得资金，也必须遵守既定的程序与规则才能使用资金，开展活动。
部门预算改革的基本思路是政府预算以部门为基础进行编制，“一个部门一本预算”。它要求各部门按照法律或者部门的法定职责，将部门预算与部门的工作目标紧密地结合起来，统一安排使用财政性资金。部门预算改革主要包括两大基本内容（中国发展研究基金会，2008：19-20）。
首先，采取综合预算的方法编制部门预算，要求部门将所有的收支都统一纳入部门预算，这就改变了以前政府预算只反映预算内收支，大量预算外资金只报账甚至不报账的粗放管理方式。2002年，根据国务院《关于深化收支两条线，进一步加强财政管理的意见》，财政部门加大了将预算外资金纳入预算管理的力度，将公安部等5个部门的行政性收费全部纳入预算管理，对国家质检总局等28个部门实行“收支两条线”管理。随后几年，每年都逐步将预算外资金纳入预算管理或实行收支脱钩。到2007年上半年，国务院批准的收费项目90%以上已纳入预算管理，政府性基金则全部纳入预算管理。这些资金都全额上交国库或财政专户，支出则纳入部门预算编制范围。
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