辽会同三年（940年），辽人人据幽州后，云居寺划入辽人版图。由于辽统治者的提倡和支持，云居寺再度兴盛起来。
在这样的背景下，寺院住持僧谦讽和尚于应历十四年（964年），对云居寺进行了大规模修复，共修建大小庙宇七十余间。其中包括转轮佛殿、讲堂、暖厅、碑楼、库堂、厨房、饭廊、梵网经廊房、东库、后屋等等。这次建设工程，不仅将由于兵火和自然损坏的殿宇修复，而且扩大了规模，是云居寺自唐末五代以来由衰而盛的—个重要转折。
同年，在谦讽和尚与辽官员朝议郎行右补缺王正合力倡导下，云居寺广联僧俗，结千人邑会。千人邑乃是中国古代为寺院募捐的社会宗教组织，据王正《重修范阳白带山云居寺碑》记载，当年云居寺的千人邑“春不妨耕，秋不废获。立其信，导其教，无贫富先后，无贵贱老少，施有定例，纳有常期，贮于库司，补兹寺缺”。千人邑的出现，反映了辽代云居寺的复兴有广泛的社会基础。
谦讽等人结千人邑的目的，是为了“寺不坏于平地，经不坠于东峰”，即修寺护经，但此时五代以来中断了的石经刻造事业，尚无力恢复。这是由于辽人人据幽州后，幽州地区的动乱局面并没有结束。直到澶渊之盟以后，幽州地区趋于稳定，经济逐渐繁荣，云居寺才得以恢复石经刊刻。
辽人恢复云居寺刻经，是在澶渊之盟以后的第23个年头，即辽圣宗太平七年（1027年）这成为云居寺自唐代以来佛教事业达到又一个巅峰的标志。
有辽一代，云居寺一直呈盛势。道宗重熙年间，郡守侍中刘六符与寺僧可信、藏俊、智通、文密等又开始了大规模的云居寺建设，累年兴工，直至大安八年（1092年）。云居寺原有南、北二塔，即是辽重熙至大安年间所建。
据乾统十年（1110年）行鲜《大辽涿州云居寺供塔灯邑记》记载，北塔为寺僧文密化钱三万余缗而建。辽乾统年间有高文用等人发起成立的云居寺供塔灯邑，每年上元节邑众按定例捐资，在北塔上下广设灯烛，三夜不息。“从昔至今，殆无缺焉。”可见到乾统十年，供塔灯邑的上元节北塔燃灯已盛行多年。
云居寺南塔建于天庆七年（1117年）四月十五日，为寺僧绍坦所建，塔13层，高60余尺，内藏舍利300余粒。
距辽亡国前四年的保大元年（1121年），云居寺已刻完一部《虚空菩萨求闻持法》经，这反映了辽末云居寺的昌隆。辽代，云居寺的佛教由晚唐的禅、律共处，改为律宗。
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