（三）高校财务管理内容问题
1.预算管理不完善
高校财务预算管理是采用价值形式对高校经营管理活动进行的预算、调节、决策和目标控制，是集事前、事中、事后管理为一体的一种监督控制方式。做好高校财务预算管理，对保障高校各项工作运转具有十分重要的意义。然而目前部分高校预算管理理念陈旧，预算编制方法不科学，预算执行监督约束不力。预算编制主要采用“基数增长法”，虽然简便、易行，但缺乏公平性、科学性；预算管理的全员参与理念并未获得认可，编制好的预算大多不需提交全校教师代表大会讨论通过；纪检、审计部门的预算执行监督工作形同虚设，财务预算与预算实际执行情况不符的现象时有发生；在预算执行过程中存在只重视支出预算而忽视收入预算的现象，预算管理无法做到事前、事中、事后的全面控制，预算执行随意，削弱了预算管理的约束力，削弱了预算管理在财务管理中的职能和作用。
2.办学经费短缺、预算外资金管理不善
目前，我国高校经费来源单一，办学经费短缺。公办高校的财政补助作为高校办学经费的主要来源占学校总经费的比重在不断下降，重点研究型大学还能够争取到一定数额的科研经费，而且学校获取的社会资助捐赠也相对较多，然而对于大多数普通的教学型高校而言，则缺乏这方面的优势。这类学校的自主创收能力有限，在财政拨款不断下降的情形下只有更加依赖学费收入，但是学生欠费现象严重。随着我国高等教育从精英教育过渡到大众教育，高校招生规模不断扩大，不可避免地增加了贫困生的人数和比例，同时高校财务管理制度的缺陷也使得恶意欠费的学生比例不断增加。另外，我国缺乏高校处理欠费学生的政策、法律支持，社会公众对待欠费学生也比较宽容，从而使得高校在解决此项问题上不能形成有效的制约机制，致使学生欠费问题在各个高校日益普遍，日趋严重，造成学校教育经费短缺，影响和制约了学校的发展。
另外，预算外资金在高校综合预算收入中所占的比重在不断上升。在高校财务管理不利的情况下，预算外资金在账外循环，形成“小金库”和“账外账”，给高校发展带来了严重的危害。首先，下属二级单位的预算外资金创收自收自支，造成学校国有资产的严重流失，对学校的决策和发展形成误导。其次，因高校多项改革均与经济利益调整相关，预算外资金管理不善严重阻碍了改革进程，特别是不利于推进高校后勤社会化。
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