《医学文献引用学》中每一节代表了一种独立的文献引用与著录格式，通常分为三部分，即引用简介、引用规则和引用示例。在第一部分引用简介中，给出了如何引用此类文献的一般介绍，并以图示的形式展示其引用与著录格式，标出引文的各著录项目（包括相应的标点符号及空格），这样可使一些读者无需详细解读相关引用规则的情况下就可对其一般引用格式有一个直观的了解和参照。在第二部分引用规则中，较为详细地介绍了有关文献类型所需引用与著录项目（包括需选项和可选项）的引用规则、格式及相应的示例。在每一著录项目，通常包括一般引用规则和特殊引用规则，前者主要涉及有关其引用与著录的一些基本信息，后者则涉及到可能存在的某些特殊情况，以满足部分读者解决其在引用文献过程中可能存在的一些特殊问题或因工作需要想对其有进一步了解之需求，如当组织机构为作者时如何处理、如何引用非文文献等。在第三部分引用示例，则为读者系统地提供了有关文献类型的引用实例，以供读者借鉴，并进一步加深对其引用规则的理解。所有用于互联网上文献的统一资源定位符（URL）在其所显示的引用日期之时都是有效的，但不能确保其当前的有效性。由于传统印刷版杂志论文和普通书籍仍是目前最为常见的参考文献来源，因此分别在第一章第一节和第二章第一节对其引用规则、格式及示例给予了较为详细的介绍。为节省篇幅，避免在内容上有过多重复，使所述内容重点突出、简洁、清晰，其他章节中与第一章第一节或第二章第一节相同或相似的内容则予以节略，而着重说明其特殊之处及需要引起注意的地方，而给出可供参考的相关的章节及条目。但有时为便于读者更好地理解相关的引用与著录规则及格式，不致使读者产生某些混淆，有些内容及示例仍存在有一些必要的重复。
《医学文献引用学》附有5个附录。附录1为国际医学杂志编辑委员会有关生物医学杂志投稿的统一要求一参考文献著录示例；附录2为参考文献引用规则与格式上的差别及注意事项；附录3为文献目录学中常用英语单词及其缩略词；附录4为ISO国家（地区）代码选录；附录5为美国和加拿大的州、省、区名称及其缩略名称。上述附录内容可供读者在引用与著录参考文献时查阅参考。
基于《医学文献引用学》的引用规则及格式主要依据《Citing Medicine》一书所采用的相关标准，书中引用规则及格式也体现了目前一些引用规则的变化，如美国国家医学图书馆（NLM）其MEDLINE／PubMed系统中一些引用规则变化（如目前要求需列出引文的全部作者）和美国国家信息标准组织（NISO）在2005年所公布的有关文后参考文献的标准（ANSI／NISO Z39．29）等。
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