《学制》规定了近代的教学组织方式。首先是实行统一的年级制。文部省1872年9月的《小学教则》将上等、下等小学各自分成8级，每一级的授课时间为6个月，每周6天（星期日除外），每天5课时，一周共30课时。同月公布的《中学教则略》将上等下等中学分成6级，规定每级授课时间6个月，每周25课时至30课时。而且规定小学及中学各级的学生通过统一考试的方式晋升到上一级。其次是采用“班级授课制”。将各级的学生分班进行教学，授课时一般由教师先指示生字高声朗读，让学生按座次朗读后全体学生齐读；然后，教师针对教材的一节内容进行提问，学生先逐个回答并由教师点评正误，最后学生一齐回答问题。这种方法反复进行，以便使学生记住一定的教学内容。班级授课制有与之相关的教室管理规则，对上课、就座、敬礼、下课等环节都有相应的规定，要求学生们严格遵守。这种班级授课的方法源于西方的近代教育制度，由斯克特引进日本，当时成为东京师范学校唯一权威性的教学方法，同时向全国各地推广。进而在授课中采用“问答教学法”，即一问一答的直观教学方法，教师在讲授单词的读法或让学生背诵单词时，利用单词挂图，指示图中所画物品，就该物品的性质、使用方法、食用方法等进行提问，学生则作出回答。这种教学法主要针对小学低年级学生，在当时的西方也是相当先进的，斯克特将其引入日本，并以“问答”课的形式写入东京师范学校制定的《小学教则》。上述近代教学方法，有别于幕府末期采用的个别式、讲解式的教学方法。<br> 《学制》还对海外留学、职业教育等新教育领域做出了详细规定。关于海外留学，《学制》第五部分“海外留学生规则之事”（第58-88章）规定：（1）留学生行政：海外留学生归文部省统辖，其留学资格证书由文部省发放，但其出国签证由外务省发放；留学期间的各项事务由外交官负责，留学生须听从外交官的指令；公费留学生的留学所选专业由官方认定，也可根据学生志愿由其任课教师判断后考试决定；公费留学生赴国外的地址、学校、专业等均须向文部省报告；公费留学生在学科升级时须向文部省报告，回国后应向文部省汇报其留学学业，并接受考试（获得外国大学毕业证者除外）。<br> ……
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