明朝在彝区的政治设置，大致分为专设流官、土流兼设及专任土官三种类型。在滇池周围等地区，元代中庆路已置流官，地主经济已经发展，就专设流官，如云南府（元为中庆路）知府及所辖四州、六县的知州、知县大都为流官。又如“地居滇省之中，蚕衣耕食”，交通及手工业、农业均很发达的徵江府及其所属二州三县，知府、知州和二县的知县也专设流官。再如临安府所辖六州、四县中，除知府为流官外，其中石屏州知州及建水、通海、河西三县知县也只设流官。处于中间类型土流兼设的地区，如楚雄府及其所属的二州、五县，都是流官掌印，握有实权，土官皆为副职。楚雄府地处滇池与洱海之间，为交通要冲之地，南诏时辖于弄栋节度，大理国及元时为威楚府，为彝族聚居地区。到了明代，由于移民，白族和汉族逐渐成为坝区的主要居民，地主经济已成为这个地区的主导力量，但在山区，主要还是彝族居住，封建领主制还有相当生命力，因而土官在政治上仍然处于副贰的地位”。至于只设土官的地区，大都是在明初领主制还居于主导地位或土官还有一定势力的地区，如广西（泸西）府、寻甸府、武定府、蒙化府及所属州、县，其知府、知州、知县是土官。这种政治设置的错综复杂的状况，是云南彝族地区社会经济发展不平衡的反映。
明朝在彝族地区分别设置流官或土官更深入地加强统治的同时，还设立有卫所，驻扎军队，建立军屯、民屯和商屯。据《明太祖实录》卷一四三所载，洪武十五年（1382年）三月，明太祖朱元璋命傅友德等，“以云南既平，留江西、浙江、湖广、河南四都司兵守之，控制要害”。
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