（2）信息沟通机制。我国现行的财政支农体制是从传统计划经济体制下延续下来，支农资金的管理体制以部门块块为主。从中央政府来看，目前直接分配与管理支农投资的有发改委、财政部、科技部、水利部、农业部、林业局、气象局、国土资源部、国务院扶贫办、国家防总等10个部门，如果加上交通、电力、教育、卫生、文化、民政、劳动等安排涉农专项投资的部门，则有17个之多。在各部门内部，又分别有多个司局负责分配和管理支农投资。中央政府支农投资多头分配管理格局，也相应地影响和规定着地方各级政府支农投资的分配、使用和管理方式。这种管理格局是历史形成的。由于各部门之间以及各部门内部机构之间在财政支农资金的管理、使用上还没有形成一个有效的协调机制，基本上是各自为阵，资金使用分散和投入交叉重复现象比较严重。构建一个完整、畅通、清晰、高效的信息沟通体系，成为当前亟待解决的问题。
3.微观运行机制
从微观层面看，政府反哺的实现机制要解决的问题有三：一是反哺平台问题；二是决策层反哺目标与执行层多元化目标的协调；三是政府能力问题。
（1）反哺平台。本质上讲，县乡两级政府作为政府反哺的执行层是决策层的“代理人”。取消农业税后，乡镇政府部分或全部地失去了其赖以生存的财政基础，在乡镇改革未取得实质性突破、县乡财政管理体制又没有大的变动的情况下，政府反哺的实际运作应该“以县为主、统筹协调”。县作为行政单位在中国具有悠久的历史。自秦以来，县始终是中国社会基本的行政区划。朝代变迁，辖县的上级机构经历了郡、州、府、道、省，但县本身却相对稳定。这种地缘上的稳定性为政府反哺的实际运作提供了最稳固的社会基础；把解决反哺工作的着力点和落脚点放在县，不仅因为县这一级比省、市更贴近农村，比乡（镇）、村具有更完备的管理职能和更强的调控能力，更重要的是，县域处于城乡结合部，是城乡汇合点、是宏观和微观的结合部，在发展规划的制定、经济结构的调整、产业发展重点的确立等一系列重大问题上，都具有相对独立的、较大的自主权，能够有效地调整县域内各产业之间的关系；县级政权作为市场调控主体，有一个县级财政，在统一各部门的力量，兼顾县、乡、村三个层次，统揽县域经济发展全局等方面，具有不可替代的作用，理应成为统筹城乡经济社会发展的重要环节，成为践行工业反哺农业的最直接操作平台。
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